RosettaCM使用笔记CentOS7

1. hyper-v安装centos7虚拟机
   安装好虚拟机后，需要编辑网络配置文件，
   vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
   把最后一行ONBOOT=no改为ONBOOT=yes
   然后配置sshd
   vi /etc/ssh/sshd_config
   删除下面几行前的#
   port=22
ListenAddress 0.0.0.0
ListenAddress ::
   保存退出后重启虚拟机。

2. 安装Rosetta
   下载的是官网的带二进制编译好的版本（大约18个G），上传到centos中，解压，同时还安装了anaconda（不确定是否必须）。然后配置环境变量即可使用，参考https://blog.csdn.net/weixin_36401013/article/details/112495562
   直接下载带二进制的文件无法进行多核运行，因此重新编译。
   参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/65059761
   用到的命令包括
   更新gcc及安装mpi：

   #sudo yum install centos-release-scl #无效
   #sudo yum install devtoolset-8
   #scl enable devtoolset-8 zsh
   yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2 -y
   yum install screen gcc-c++ openmpi openmpi-devel -y
   echo "export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin/:$PATH" >> ~/.bashrc
   

   下载rosetta并上传至root目录，使用如下命令解压：
   tar -zxvf rosetta_src_xxxxxxxxx_bundle.tgz
   添加环境变量：
   vi ~/.bashrc
   输入

   #Rosetta
   export ROSETTA=/root/rosetta_src_xxxxxxxx_bundle
   export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
   export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
   export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
   export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
   

   使之生效
   source ~/.bashrc
   xxxxxxxx需要根据实际下载的文件名修改。
   编译命令：

   cd $ROSETTA/main/source/
   ./scons.py -j 16 mode=release bin extras=mpi
   

3. RosettaCM
   参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/101176312，中途碰到了一些问题，第一个需要修改compiler为gcc，平台为linux，build为mpi。第二个是，pdb文件名字必须为5个字，且序列比对文件（alignment.fasta）中的序列顺序必须为目的蛋白第一个，后面跟上模板蛋白，且名字需要与pdb的名字一致。

   python $ROSETTA/main/tools/protein_tools/scripts/setup_RosettaCM.py --fasta linam.fasta --alignment linamarase_alignment.fasta --alignment_format fasta --templates 1cbga.pdb 3ptka.pdb 3wq4a.pdb --rosetta_bin $ROSETTA/main/source/bin --platform linux --compiler gcc --build mpi
   

   切换到rosetta_cm文件夹后，再运行建模命令:

   cd rosetta_cm
   screen -dmS cm -L mpirun -np 16 --allow-run-as-root $ROSETTA/main/source/bin/rosetta_scripts.mpi.linuxgccrelease @flags -database $ROSETTA/main/database -nstruct 20
   

   通过以下命令查看当前运行情况或停止运行：

   screen -r cm