一文带你读懂单细胞测序，单细胞多组学【纯干货】

单细胞多组学技术是指结合多种不同的生物学技术，对单个细胞进行多方面的分析和研究，从而获得更全面、更准确的单细胞数据。该技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等。单细胞多组学技术的发展为我们提供了一种更加精确理解生物体内复杂的细胞类型和功能的方式，尤其是对于异质性细胞群体中少数的特殊细胞类型如干细胞或罕见癌细胞，具有非常重要的应用价值。通过融合不同技术获得的信息，单细胞多组学可以更准确地描述单个细胞在多个生命事件和过程中的状态与变化，为生命科学的研究提供更加全面和深入的视角。

目标：

1. 掌握单细胞多组学研究思路以及课题设计方法

2. 掌握R语言基本语法以及基本绘图

3. 掌握单细胞转录组基础分析及高级分析

4. 掌握单细胞转录组多样本比较分析

5. 掌握单细胞ATAC数据分析，以及与转录组数据联合分析

6. 掌握单细胞VDJ数据分析，以及与转录组数据联合分析

Day 1

单细胞测序技术发展历程及研究现状

单细胞测序原理及测序平台介绍

单细胞相关数据库介绍

单细胞数据分析流程介绍

单细胞研究思路及案例分享

R语言简介

R语言概述

R软件及R包安装

R语言语法及数据类型

条件语句

循环

函数

Day 2

单样本转录组数据基础分析

数据质控及归一化

降维(PCA, tSNE, UMAP)

聚类分析

鉴定marker基因

细胞亚群注释

功能富集分析

单样本转录组数据高级分析

GSEA分析与GSVA分析

细胞亚群继续分群

细胞周期分析

拟时序分析

细胞通讯分析

代谢分析

RNA velocity分析

h5ad转seurat对象

Day 3

RNAseq与膜表面蛋白数据整合分析

RNAseq分群效果与膜蛋白分群效果比较

RNAseq与膜蛋白数据整合后分群

基因与蛋白表达相关性

多组样本转录组数据分析

质控、归一化

降维、聚类

鉴定marker基因，细胞亚群注释

样本间细胞亚群频率比较

样本间差异表达基因分析

绘制小提琴图、散点图、山脊图、火山图、热图、气泡图、feature plot

Day 4

单细胞ATAC数据分析

细胞亚群peak鉴定

Motif富集分析

motif deviation

转录因子足迹分析

基因富集分析

peak co-accessibility分析

单细胞ATAC拟时序分析

单细胞ATAC与转录组的整合分析

Day 5

单细胞VDJ分析

VDJ分析以及可视化

检测克隆型

克隆型丰度

CDR3组成

比较克隆型

克隆空间稳态

克隆比例

重叠分析

多样性分析

转录组联合VDJ分析

课程案例图片：

详情可看链接：单细胞多组学+机器学习代谢组学+ATAC-Seq+CRISPR-Cas9基因编辑助力您发顶刊!

单细胞多组学：

2024.07.06----2024.07.07全天（上午9:00-11:30下午13:30-17:00）

2024.07.10----2024.07.11晚上（晚上19:00-22:00）

2024.07.13----2024.07.14全天（上午9:00-11:30下午13:30-17:00）

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