Science综述 | 用单细胞基因组学将人类细胞表型匹配到基因型

原文地址：https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1401


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Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics


摘要

身体所有细胞的累积活动，以及它们无数的相互作用、存亡历程和环境变化，产生了人类个体特有的性状。对人类细胞类型进行分类，了解它们是如何发展的，它们在个体之间是如何变化的，以及它们在疾病中是如何失去正常功能的，这是一个长期的目标。单细胞基因组学彻底改变了这一领域的发展，因为基于测序的方法提供了一种基于高信息含量和高通量测量来定量注释细胞状态的手段。随着干细胞生物学和基因编辑的进步，我们正处在一个迷人的旅程中，去了解构成人体的细胞表型，以及人类基因组是如何被用来构建和维持每个细胞的。在这里，作者概述了单细胞基因组学是如何被用来开发个性化表型方案的最新进展，这些策略跨越亚细胞、细胞和组织的尺度，将我们的基因组与我们累积的细胞表型联系起来。


前言

“表型”可以指很多东西，但总的来说，它是一种对个体基因组与环境相互作用而产生的一系列属性进行分类的方法。这是一种再生产的方法，但很有效，可以将人类表型降低到单细胞水平，并利用细胞内的分子状态在分子、细胞、组织和系统水平上建立表型。单细胞测序技术可以一次测量成千上万个细胞中的成千上万个特征，提供构成人体组织、器官或其他生物系统的细胞和分子状态的定量和超高分辨率快照。目前，已有一些方案可用于测量单细胞中的RNA含量、DNA序列和甲基化状态、染色体结构和可及性以及蛋白质组成(1)。除了分子特征之外，细胞的历程可以通过测定某些起源于细胞核或线粒体的突变来区分不同的谱系。此外，在遗传易处理的模型系统(如小鼠、斑马鱼和类器官)中，通过使用报告条形码（reporter barcode）和基于RNA-guided的CRISPR相关的Cas技术，可以记录细胞命运的历史并推断谱系树。到目前为止，在每个实验中，通常使用一种或两种单细胞测量技术来测定组织内单个细胞的表型。然而，该领域正朝着从同一细胞中获取转录组、基因组、表观基因组和谱系状态的多模式测量方向发展，以增强特征识别并在任何给定时刻给出细胞表型的更丰富图像(10，12)。这些技术正迫使科学家们努力应对以前的“细胞类型”概念，因为细胞特性可以离散变化(类型或亚型)，也可以连续变化(状态)，分类可能不总是遵循严格的等级制度(13)。从而导致在开发研究细胞状态和组织形态随时间快速变化的系统中又增加了一层复杂性。单细胞测序捕捉瞬时状态，而公认的方法是能够实现细胞轨迹(14)和谱系(9)的重建。

每个细胞的微环境也可能对单个细胞的表型至关重要。基于多重核糖核酸杂交(15，16)或蛋白质免疫组织化学(17)、原位测序(18，20)、质量细胞计(21)或其他策略(22)的空间转录和蛋白质组学方法可用于原位测量细胞类型和状态。此外，正在研发的新方法，通过使用条形码寡核苷酸来分析细胞内和组织内细胞的空间位置，当分子足够接近以物理相互作用时，条形码寡核苷酸可以偶联在一起(23，24)。这些成对的相互作用被编码在DNA中，可以用高通量测序来测量，计算分析能够基于分子邻近性对细胞相互作用进行空间重建。

单细胞表型测定已经提供了跨越同一模式生物不同器官系统(25，27)的非常规图谱，将细胞的形态与分子特征(28)关联起来，在空间上解析细胞类型的分类(18，29)和细胞的状态梯度(30，31)，并通过使用谱系记录(7)绘制相似的细胞命运图。这正逐渐扩展到发育中、成熟和老化的人体器官(32，33)；识别先前未记录的人类细胞类型(3436)或其它状态提供定量框架(37，38)。主要技术目标是整合(39，40)所有可能的特征检测方法(例如RNA，DNA、染色质状态和谱系)在单细胞中独立或同时组合进行，并将这些测量结果呈现在具有亚细胞和时间分辨率的三维(3D)空间中**(图1)**。通过用这种高信息含量技术解析细胞的异质性，可以在环境和遗传条件下，比较组织或生物系统水平(系统表型)上出现的表型变化，如组成、调节状态、细胞相互作用、空间结构和不同的分化轨迹等。因为人类的发展不是决定性的，所以观察器官重建在不同的人身上是如何变化的将是一个有趣的问题。与人类基因组计划相似，当每个人的器官看起来不同时，人类细胞图谱（Human Cell Atlas，HCA）将面临如何生成参考器官图的挑战。通过综合使用多种单细胞测量方法来评估这种变化的过程已在HCA项目中提出，将有助于为组织取样、样本和数据处理以及方法和个人之间的计算比较创建共同的协调框架。

图1. 单细胞基因组时代的人类表型。A.已经开发了许多不同的单细胞基因组学方法来描述人类器官在空间和时间上的细胞异质性。(B和C)这些测量可以整合在一起以建立跨亚细胞、细胞、组织和系统的表型图谱。


疾病相关的细胞表型

当每个人和小鼠的器官在空间和时间上以单细胞分辨率被映射时，下一阶段的研究是了解基因变化如何影响人类的表型。疾病关联研究使用自然发生的突变来鉴定致病基因；这些基因是符合孟德尔遗传模式的，是具有强效应的编码突变，或者已经过实验验证。致病基因可以通过识别表达该基因的细胞群而被定位到细胞类型中如[多器官(41)、肾脏(42)、皮层(43)]等**(图2A)**。一个值得注意的例子是，最近研究人员绘制成