将PDB文件中的ATOM重新标定位置

    // 复制文件
    //将PDB文件中的ATOM重新标定位置
    public static void junhSpeCopyPDBFile(File sourceFile, File targetFile) throws Exception {
        String targetFilePath = targetFile.getParent();
        File targetParentFile = new File(targetFilePath);
        if(!targetParentFile.exists()){
            targetParentFile.mkdirs();
        }
        
        String firstChain = "JunHu2012-12-26";
        //得到第一ChainType
        BufferedReader srcBr = new BufferedReader(new FileReader(sourceFile));
        String line = srcBr.readLine();
        while (null != line){
            if (line.startsWith("ATOM")) {
                String chainType = line.substring(21, 22);
                if (!chainType.equalsIgnoreCase(firstChain)) {
                    String atomType = line.substring(11, 15).trim();
                    if (atomType.equalsIgnoreCase("CA")) {
                        firstChain = chainType;
                        break;
                    }
                }
            }
            line = srcBr.readLine();
        }
        srcBr.close();
        
        FileWriter fw = new FileWriter(targetFile);
        String preIndexStr = "YanDanDan2012-12-26";
        int preIndexInt = 0;
        //重新标定First ChainType
        srcBr = new BufferedReader(new FileReader(sourceFile));
        line = srcBr.readLine();
        while (null != line){
            if (line.startsWith("ATOM")) {
                String acidType = line.substring(17, 20);
                if (3 == acidType.trim().length()){
                    String chainType = line.substring(21, 22);
                    if (chainType.equalsIgnoreCase(firstChain)) {
                        String preLine = line.substring(0, 22);
                        String IndexStr = line.substring(22, 26);
                        String afterLine = line.substring(26);
                        if (IndexStr.equals(preIndexStr)){
                            fw.write(preLine + StrUtil.formatStrToFixLen(Integer.toString(preIndexInt), 26-22) + afterLine + "\n");
                        }else{
                            fw.write(preLine + StrUtil.formatStrToFixLen(Integer.toString(++preIndexInt), 26-22) + afterLine + "\n");
                            preIndexStr = IndexStr;
                        }
                    }
                }
            }
            line = srcBr.readLine();
        }
        srcBr.close();
        fw.close();
    }