illumina/GTCtoVCF在python3中使用

最新推荐文章于 2022-03-06 11:35:16 发布

要遭打断腿

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分类专栏：计算机学习文章标签：生信

本文链接：https://blog.csdn.net/Bighetti/article/details/83279039

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这篇博客介绍了如何将基于Python2的illumina/GTCtoVCF项目更新到Python3。主要内容包括更新Python版本到3.7.0，使用pip3.7安装依赖如numpy、pyvcf和pysam，以及针对Python3语法差异进行的源代码修改，如处理xrange()、字典操作和排序问题。

摘要由CSDN通过智能技术生成

简介

原illumina/GTCtoVCF项目源代码基于python2开发，为兼容现有项目以及与时俱进。对原版本进行修改。

更新python3

实验在自己所用的mac上进行，顺带对python版本进行了更新。
使用命名行 brew upgrade python3
新版python为3.7.0

安装依赖

原GTCtoVCF官方要求依赖为：
numpy=1.11.2
pyvcf=0.6.8
pysam=0.9.0
更新python3后，直接使用pip3.7安装上诉模块
安装pysam：pip3.7 install pysam，安装后版本为pysam-0.15.1
安装pyvcf会遇到超时问题，可使用清华源解决：pip3.7 install pyvcf -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/，安装后版本为0.6.8
安装numpy：pip3.7 install numpy，安装后版本为numpy-1.15.2

源代码修改

使用pycharm，依据python3语法对源代码对报错信息依次进行修改。顺带对代码风格依照pep8规范进行整理。
主要修改部分为
1、xrange()…
修改完毕后，键入python3.7 gtc_to_vcf.py -h，以验证安装是否成功。
2、with open(‘xxxx’, ‘rb’) as out:
python3.6中，读取的字符类型为byte，如：b’BPM’
3、sorted()在pyt