samtools view中关于flag过滤的几个特点

最新推荐文章于 2023-11-27 14:04:31 发布

weixin_30340353

最新推荐文章于 2023-11-27 14:04:31 发布

阅读量1k

点赞数

原文链接：http://www.cnblogs.com/beita/p/4812227.html

版权

本文介绍了samtools view中关于SAM文件旗标过滤的使用，通过不同组合的选项如-c, -f, -F进行过滤。例如，-c -F12等价于-c -F524，用于过滤特定状态的读取。同时，文章展示了samtools flagstat的用法，用于统计bam文件中如正确配对、次级、补充等读取的数量。" 109703115,8499840,Python数据结构与算法解析：FFF问题,"['Python编程', '数据结构与算法', '问题解决', '程序设计']

摘要由CSDN通过智能技术生成

以下这段翻译自SAMv1.pdf

__________________________

以下几个选项计算结果一样

-c -f1 =-c -F12

-c -f2 =-c -f2 -F4 = -c -f2 -F12

-c -F12=-c -F524 # 0x4 + 0x8 + 0x200

-c -F4 = -c -F516

-c -F260=-c -F772 # 0x4 + 0x100 + 0x200

-c -F268=-c -F780 # 0x4 + 0x8 + 0x100 + 0x200

__________________________

samtools flagstat中几个指标的计算方法

$ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam
28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)　　# -c
2924468 + 0 secondary 　　　　　　　　　　　　　　# -c -f0x100
0 + 0 supplementary
0 + 0 duplicates
28188350 + 0 mapped (99.25%:-nan%)　　　　　　# -c -F4
25475874 + 0 paired in sequencing
12737937 + 0 read1
12737937 + 0 rea