CDISC SDTM MB domain学习笔记



【整理翻译自 SDTM IG 3.2: www.cdisc.org/SDTM, 以下涉及图片来自Section 6.3】

MB（Microbiology Specimen）微生物样本采集测量，包括革兰氏染色剂结果，有机物发现

MBTESTCD/MBTEST

MBCAT/MBSCAT

MBORRES/MBORRESU

MBSTRESC/MBSTRESN/MBSTRESU

MBRESCAT(Result Category): 用标准格式对结果分类. 如对于ORGANISM的发现： INFECTING, COLONIZER, CONTAMINANT, NORMAL FLORA

MBSTAT/MBREASND

MBNAM(Vendor Name)

MBLOINC(LOINC Code)

MBSPEC(Specimen Type): SPUTUM, BLOOD, PUS

MBSPECCND(Specimen Condition): CONTAMINATED

MBLOC(Specimen Collection Location): LUNG, VEIN, ARM, FOOT

MBMETHOD(Method of Test or Examination) GRAM STAIN, MACRO BROTH, DILUTION, AGAR DILUTION

MBBLFL

MBDRVFL

VISITNUM/VISIT/VISITDY

MBDTC/MBDY

MBTPT/MBTPTNUM

MBELTM/MBTPTREF/MBRFTDTC

Note:

1. MB储存微生物发现, 如organisms found, gram stain results, organism growth status

2. MBSPID用来唯一确定一种有机物. 当同一种微生物在一个新的样本中鉴定时保持不变, 则MBSPID可以保持不变. 通常用original line number来记录微生物的第一次出现, 并且当在其他样本总发现该微生物时,可以使用同一number. 如对于微生物"STAPHYLOCOCCUS AUREUS" MBSPID在visit10时为01, 对于同一微生物在visit 30时, MBSPID仍为01

3. 对于样本中的微生物，MBTESTCD=ORGANISM

4. MBDTC记录微生物在培养中开始增长的时间, 或者微生物开始成阳性的时间

5. MBGRPID用来连接MS域中的相关记录. 如在样本1中, 微生物STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE被发现并用MBGRPID=1标记, 还有其他被发现的微生物, 如susceptibility tests, colony count等. 对于样本1中的微生物, 所有都有同一个值MSGRPIS=1. 用GRPID关联MS和MB使得RELREC得到了简化，因为只需要两个记录来描述MB与多个MS的记录关联. 应用这个方法, 就没有必要在subject level建立更详细的关联规则

6. 对于微生物需要区分colonizing organisms和causing the infection时，需要用到MBRESCAT. 不希望有"No growth" 或者结果来自于gram stain的情况

7. The following Qualifiers would not generally be used in MB: --MODIFY, --BODSYS, --FAST, --TOX, --TOXGR --SEV.