CDISC SDTM MS domain学习笔记



【整理翻译自 SDTM IG 3.2: www.cdisc.org/SDTM, 以下涉及图片来自Section 6.3】

MS(Microbiology Susceptibility): 包括微生物敏感性检测结果, 热河其他微生物相关检测的阳性结果

MSTESTCD/MSTEST

MSCAT/MSSCAT

MSORRES/MSORRESU

MSSTRESC/MSSTRESN/MSSTRESU

MSRESCAT(Result Category): SUSCEPTIBLE, INTERMEDIATE, RESISTANT, UNKNOWN

MSSTAT/MSREASND

MSNAM

MSLOINC

MSMETHOD

MSBLFL

MSDRVFL

VISITNUM/VISIT/VISITDY

MSDTC/MSDY

MSTPT/MSTPTNUM

MSELTM/MSTPTREF

Note:

1 定义：MS储存于微生物发现和MB提交数据相关的发现. 通常由敏感性测试结果组成, 但是也可以有其他微生物相关的发现, 如extent of growth of an organism. 改domain的目的是连接MB domain

MB-MS示例

例1： MB样本发现

Row1,2: 样本1的gram stain结果(MBREFID=SP01)

Row3,4: 访视1样本1的微生物发现. MBGRPID用来连接MS中关于这些发现的具体内容

Row5: 表明标记为ORG02的微生物在访视2样本2中存在

Row6: 表明访视3中无微生物. 所以记录为"NO GROWTH"

Row1-6: 表明MBMETHOD用来报告测试的方法，如GRAM STAIN, MIRCOBIAL CULTURE, SOLID

如果sputum的收集方法被报告, 该信息应存于SUPPMB中, 因为MBMETHOD是关于测试结果获得方法的变量

示例2 MS - 例1中微生物发现相关内容, 每个USUBJID中， 以MBGRPID=MSGRPID作为连接变量

Row1：访视1样本1中的有机物1的增长程度（例1中 MBGRPID=1，Row3）

Row2，3：访视1样本1中有机物1的敏感性检测结果（例1中MBGRPID=1， Row3）

Row4： 访视1样本1中有机物2的增长程度（例1中MBGRPID=2，Row4）

Row5，6：访视1样本1中有机物2的敏感性检测结果（例1中MBGRPID=2，Row4）

Row7：访视1样本2中有机物2的敏感性检测结果（例1中MBGRPID=3，Row5）

例3：MB with multiple labs

Row1，2：由中心实验室和地方实验室识别的同一种微生物. MBSPID对于每个实验室是不同的，并且MBGRPID对于每个实验室也不同. 这是因为各个实验室是分别发现和追踪该微生物的，岁让他们来自同一样本

例4：MS - 例3中多实验室微生物发现的相关内容

Row1，2：中心实验室敏感性检测结果， 关于例3的中心实验室MBGRPID=1 Row1识别的微生物. 注意到中心实验室对于两种药剂只应用一种敏感性检测方法(E-TEST)，sponsor and Amoxicillin

Row3-8：地方实验室敏感性检测结果, 关于例3的地方实验室MBGRPID=2 Row2识别的微生物. 注意到地方实验室对于两种药剂使用了三种不同的敏感性检测方法方法(Broth Dilution. Zone Size, E-TEST), 因而对于MSGRPID=2有六条观测

例5 RELREC to relate MB and MS

Row1，2： one-to-many relationship between MB and MS. 对于任何MB中的微生物发现，在MS中可能有多条观测对应. MB中的微生物可以关联到MS中的相关发现, 因为对于同一subject的任何微生物MBGRPID=MSGRPID