安装monocle3的经验（windows RStudio）

1.版本使用R4.1.0，尽管教程上（Monocle 3 (cole-trapnell-lab.github.io)）写>=R4.1.0都可以，但是版本差别大的时候总是会出现意想不到的问题

2.安装BioManager(3.14)

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.14")

3.安装其他包

BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',

                       'limma', 'lme4', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',

                       'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'HDF5Array',

                       'terra', 'ggrastr'))

4.安装monocle3

install.packages("devtools")

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

4.1igraph版本问题，可以去CRAN(CRAN: Package igraph (r-project.org))下载合适的版本到本地再安装

install.packages("C:/Users/fengl/Downloads/igraph_2.0.3.zip", repos = NULL, type = "win.binary")

选择binary版本是因为source版本安装时编译失败

4.2报错ERROR: loading failed for 'i386'

解决方法devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3',INSTALL_opts = "--no-multiarch"))

安装时加后缀