生信跑cox出现错误

Fredlin98

已于 2023-03-20 23:43:12 修改

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分类专栏：生信 R语言文章标签： r语言学习方法

于 2023-03-20 23:35:29 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Fredlin98/article/details/129679152

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文章描述了一位用户在使用R语言进行Cox比例风险模型分析时遇到的问题，由于原始数据中的基因ID为ENSG_id，导致分析出现No(non-missing)observations的错误。解决方案是重新运行差异分析代码，将基因ID替换为gene_symbol。作者强调了不应直接修改源文件，而应在副本上进行改动的重要性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#Cox分析
Coxoutput <- NULL
for(i in 3:ncol(surv.expr)){
g <- colnames(surv.expr)[i]
cox <- coxph(Surv(OS.time,OS) ~ surv.expr[,i], data = surv.expr) # 单变量cox模型
coxSummary = summary(cox)

Coxoutput <- rbind.data.frame(Coxoutput,
data.frame(gene = g,
HR = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"exp(coef)"])[1],
z = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"z"])[1],
pvalue = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"Pr(>|z|)"])[1],
lower = as.numeric(coxSummary$conf.int[,3][1]),
upper = as.numeric(coxSummary$conf.int[,4][1]),
stringsAsFactors &#