生信跑cox出现错误

文章描述了一位用户在使用R语言进行Cox比例风险模型分析时遇到的问题,由于原始数据中的基因ID为ENSG_id,导致分析出现No(non-missing)observations的错误。解决方案是重新运行差异分析代码,将基因ID替换为gene_symbol。作者强调了不应直接修改源文件,而应在副本上进行改动的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

#Cox分析
Coxoutput <- NULL 
for(i in 3:ncol(surv.expr)){
  g <- colnames(surv.expr)[i]
  cox <- coxph(Surv(OS.time,OS) ~ surv.expr[,i], data = surv.expr) # 单变量cox模型
  coxSummary = summary(cox)
  
  Coxoutput <- rbind.data.frame(Coxoutput,
                                data.frame(gene = g,
                                           HR = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"exp(coef)"])[1],
                                           z = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"z"])[1],
                                           pvalue = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"Pr(>|z|)"])[1],
                                           lower = as.numeric(coxSummary$conf.int[,3][1]),
                                           upper = as.numeric(coxSummary$conf.int[,4][1]),
                                           stringsAsFactors &#

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