【全网最新】深度解析：如何用GROMACS pdb2gmx 快速生成精准拓扑文件？ GROMACS pdb2gmx 使用全解析：从PDB文件到拓扑文件的快速指南

引言

在分子动力学模拟中，从PDB文件生成可靠的拓扑文件是至关重要的一步。
而GROMACS的pdb2gmx工具则为这一过程提供了强大的支持。无论是选择力场、生成拓扑文件，还是处理复杂残基和链的分离，该工具都能简化操作。然而，这一过程并非完全自动化，用户需要理解其核心功能和选项配置，才能生成符合研究需求的高质量输入文件。本文将为您全面解析pdb2gmx的使用方法，让您轻松掌控从PDB到拓扑文件的转换。
如需了解全面的流程请点击：《分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅》

gmx pdb2gmx核心

gmx pdb2gmx [ -f [<.gro/.g96/…>] ] [ -o [<.gro/.g96/…>] ] [ -p [<.top>] ]
gmx pdb2gmx [ -i [<.itp>] ] [ -n [<.ndx>] ] [ -q [<.gro/.g96/…>] ]
gmx pdb2gmx [ -chainsep <枚举> ] [ -merge <枚举> ] [ -ff <字符串> ]
gmx pdb2gmx [ -water <枚举> ] [ -[无]inter ] [ -[无]ss ] [ -[无]ter ]
gmx pdb2gmx [ -[无]lys ] [ -[无]arg ] [ -[无]asp ] [ -[无]glu ] [ -[无]gln ]
gmx pdb2gmx [ -[no]his ] [ -angle ] [ -dist ] [ -[no]una ]
gmx pdb2gmx [ -[无]ignh ] [ -[无]missing ] [ -[无]v ] [ -posrefc <真实> ]
gmx pdb2gmx [ -vsite <枚举> ] [ -[无]重氢] [ -[无]氘氢]
gmx pdb2gmx [ -[no]chargegrp ] [ -[no]cmap ] [ -[no]renum ] [ -[no]rtpres ]

gmx pdb2gmx读取.pdb (或.gro ) 文件，读取一些数据库文件，向分子添加氢原子，并生成 GROMACS (GROMOS) 格式的坐标，或可选的.pdb格式的拓扑。随后可以处理这些文件以生成运行输入文件。

gmx pdb2gmxforcefield.itp将通过在当前工作目录和 GROMACS 库目录的子目录中查找文件来搜索力场，这些文件.ff 是根据二进制文件或GMXLIB环境变量的路径推断出来的。默认情况下，力场选择是交互式的，但您可以使用选项-ff在命令行上指定列表中的短名称之一。在这种情况下，只需查找相应的目录。gmx pdb2gmx.ff

选择力场后，所有文件都将从相应的力场目录中读取。如果要修改或添加残基类型，可以将力场目录从 GROMACS 库目录复制到当前工作目录。如果要添加新的蛋白质残基类型，则需要residuetypes.dat在库目录中进行修改或将整个库目录复制到本地目录，并将环境变量设置GMXLIB为该目录的名称。

请注意，.pdb文件只不过是一种文件格式，它不一定包含蛋白质结构。数据库中支持的每种分子都可以转换。如果数据库中不支持，您可以自行添加。

该程序的智能有限，它读取大量数据库文件，从而能够生成特殊键（Cys-Cys、Heme-His 等等），必要时可手动完成。程序可以提示用户选择所需的 LYS、ASP、GLU、CYS 或 HIS 残基的类型。对于 Lys，选择是中性（NZ 上两个质子）或质子化（默认三个质子）；对于 Asp 和 Glu，选择是非质子化（默认）或质子化；对于 His，质子可以在 ND1 上、NE2 上或两者上。默认情况下，这些选择是自动完成的。对于 His，这是基于最佳氢键构象。氢键基于简单的几何标准定义，由最大氢供体-受体角和供体-受体距离指定，它们分别由-angle和 设定-dist。

可以使用标记交互选择 N 端和 C 端的质子化状态-ter。默认末端分别为离子化（NH3+ 和 COO-）。一些力场支持单残基链的两性离子形式，但对于多肽，不应选择这些选项。AMBER 力场对末端残基具有独特的形式，这些形式与机制不兼容-ter。您需要分别在 N 端或 C 端残基名称前加上“N”或“C”以使用这些形式，并确保保留坐标文件的格式。或者，使用命名的终止残基（例如 ACE、NME）。

链的分离并非完全微不足道，因为用户生成的 PDB 文件中的标记经常变化，有时需要合并 TER 记录中的条目，例如，如果您想要两个蛋白质链之间的二硫键或距离限制，或者如果您有一个与蛋白质结合的 HEME 基团。在这种情况下，多个链应该包含在一个 moleculetype定义中。为了处理这个问题，使用两个单独的选项。首先，允许您选择何时开始新的化学链，并在适用时添加末端。这可以基于 TER 记录的存在、链 ID 更改的时间或其中之一或两者的组合来完成。您还可以完全交互地进行选择。此外，还有一个选项可以控制在添加所有化学末端（或不添加）后如何将多个链合并为一个分子类型。可以关闭此功能（不合并），可以将所有非水链合并为单个分子，或者可以交互地进行选择。gmx pdb2gmx-chainsep-merge

gmx pdb2gmx还将检查.pdb文件的占用字段。如果任何占用不是 1，则表明原子在结构中解析得不好，则会发出警告消息。当.pdb文件不是来自 X 射线结构测定时，所有占用字段可能为零。无论哪种方式，用户都需要验证输入数据的正确性（阅读文章！）。

在处理过程中，原子将根据 GROMACS 约定重新排序。-n可以生成一个索引文件，其中包含一个以相同方式重新排序的组。这允许您将 GROMOS 轨迹和坐标文件转换为 GROMOS。有一个限制：重新排序是在从输入中剥离氢之后和添加新氢之前进行的。这意味着您不应该使用-ignh。

.gro和文件格式.g96不支持链标识符。因此，当您想要转换多链.pdb文件时，在选项中输入.pdb文件名会很有用。-o

该选项-vsite可消除氢原子和快速不当二面角运动。通过将氢原子变为虚拟位点并固定角度（固定其相对于相邻原子的位置），可以消除角运动和平面外运动。此外，标准氨基酸（即 PHE、TRP、TYR 和 HIS）芳香环中的所有原子都可以转换为虚拟位点，从而消除这些环中的快速不当二面角波动（但此功能已弃用）。 请注意，在这种情况下，所有其他氢原子也会转换为虚拟位点。转换为虚拟位点的所有原子的质量都会添加到重原子中。

通过将氢质量增加 4 倍也可以减慢二面体运动-heavyh 。这也适用于水氢，以减慢水的旋转运动。氢质量的增加要从键合（重）原子中减去，以使系统的总质量保持不变。作为一种特殊情况，考虑环状（或循环）分子。 通过评估给定链的末端原子之间的距离自动确定是否存在环状分子。如果该距离大于 （“短键警告距离”，默认 0.05 纳米）且小于（“长键警告距离”，默认 0.25 纳米），则该分子被视为环状，并将按此进行处理。请注意，这不能检测周期边界上的环状键。gmx pdb2gmx-sb-lb

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选项

1. 指定输入文件的选项：

-f[<.gro/.g96/…>]（蛋白质.pdb） 结构文件：gro g96 pdb brk ent esp tpr

指定输出文件的选项：

-o[<.gro/.g96/…>]（conf.gro） 结构文件：gro g96 pdb brk ent esp

-p[<.top>] （topol.top） 拓扑文件

-i[<.itp>]（posre.itp） 包含拓扑文件

-n[<.ndx>] (index.ndx)（可选） 索引文件

-q[<.gro/.g96/…>] (clean.pdb) (可选)

结构文件：gro g96 pdb brk ent esp

2. 其他选择：

-chainsep<枚举> （id_or_ter） PDB 文件中应启动新链（添加末端）的条件：id_or_ter、id_and_ter、ter、id、interactive

-merge （无） 将多个链合并为单个 [moleculetype]: no, all, interactive

-ff<字符串>（选择） 力场，默认为交互。用于-h信息。

-water<枚举> （选择） 要使用的水模型：select、none、spc、spce、tip3p、tip4p、tip5p、tips3p

-[no]inter （不） 将接下来的 8 个选项设置为交互式

-[no]ss （不） 交互式 SS 桥选择

-[no]ter （不） 交互式终端选​​择，而非收费（默认）

-[no]lys （不） 交互式赖氨酸选择，而非带电选择

-[no]arg （不） 交互式精氨酸选择，而非带电

-[no]asp （不） 交互式天冬氨酸选择，而非带电

-[no]glu （不） 交互式谷氨酸选择，而非带电选择

-[no]gln （不） 交互式谷氨酰胺选择，而非带电选择

-[no]his （不） 交互式组氨酸选择，而不是检查氢键

-angle<真实> (135) 氢键的最小氢供体-受体角（度）

-dist<真实> （0.3） 氢键最大供体-受体距离 (nm)

-[no]una （不） 选择苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸上具有联合 CH 原子的芳香环

-[no]ignh （不） 忽略坐标文件中的氢原子

-[no]missing （不） 当原子缺失且无法形成键时继续，危险

-[no]v （不） 信息内容稍微详细一些

-posrefc<实际> （1000） 位置约束的力常数

-vsite<枚举> （无） 将原子转换为虚拟位点：无、氢、芳香族

-[no]heavyh （不） 使氢原子变重

-[no]deuterate （不） 将氢的质量改为 2 amu

-[no]chargegrp （是的） 在.rtp文件中使用电荷组

-[no]cmap （是的） 使用 cmap 扭转（如果在.rtp文件中启用）

-[no]renum （不） 在输出中对残基进行连续重新编号

-[no]rtpres （不） 使用.rtp条目名称作为残基名称

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通过对pdb2gmx工具的深入学习和实践，
将能够高效处理复杂的分子结构，生成准确的拓扑文件，为后续的模拟工作奠定基础。
记住，理解选项的细节和对输入数据的审慎验证，是确保模拟结果可靠的关键。
希望本文能为您的分子动力学研究提供助力。如果您对其他GROMACS工具有兴趣，
欢迎持续关注以便获取后续更多资料！