Tombo安装和使用教程

最新推荐文章于 2024-09-04 11:42:07 发布
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本文档详细记录了如何成功安装和使用Tombo，一个用于检测DNA modification的三代测序数据分析工具。针对Tombo安装过程中的依赖问题，提供了创建conda环境、安装numpy等步骤，并强调在使用前需将multi-fast5格式转换为single-fast5格式，适用于处理bonito basecalling产生的数据。
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ugobananas
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tombo resquiggle
生物信息学
08-13 971
必须在修改基底检测或其他Tombo命令之前，在一组读取上运行命令。必须提供包含FAST5读取文件和基因组/转录组参考的目录。参考序列可能是之前已知的，或者是从这个样本中发现的。重要的是，参考序列被假定为正确，因此通过抛光创建个性化参考可能会改善性能，特别是对于分歧样本或组装不良的参考。原始读取FAST5文件必须包含基底呼叫。使用命令从FASTQs集合中添加基底呼叫到原始读取文件。读取文件不需要包含Events数据（由albacore的fast5模式输出）。
tombo:Tombo是一套工具，主要用于从原始的纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸
05-15
通宝 Tombo是一套工具，主要用于从纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸。 Tombo还提供了用于分析和可视化原始纳米Kong信号的工具。 有关所有Tombo命令和算法的详细文档可以在上找到。 特征 修改后的碱基检测 支持DNA和直接RNA 三种检测算法支持广泛的应用 替代模型（首选） 样品比较 从头开始 参考锚定原始信号虚拟化 原始信号分析python API 用户友好的模型估计方法（含教程） 入门 Conda安装（首选方法） # install via bioconda environment (https://bioconda.github.io/#set-up-channels) conda install -c bioconda ont-tombo 任何Tombo分析的第一步都是重新使原始纳米Kong读段（原始信号与参考序列比对）进行重组。 这将创建一个索引并存储执
甲基化检测软件——Tombo
weixin_41869644的博客
05-15 4611
1.Tombo是一套工具，主要用于从纳米孔测序数据中鉴定修饰的核苷酸。Tombo还提供用于分析和可视化原始纳米孔信号的工具。 2.安装。 conda create -y -n ont-tombo #创建ont-tombo虚拟环境并安装tombo conda activate ont-tombo #进入虚拟环境 conda install -c bioconda -n ont-tomb...
2024.09.04【读书笔记】|如何使用Tombo进行Nanopore Direct RNA-seq（DRS）分析
最新发布
09-04 1425
首先，需要将原始的纳米孔读取数据（FAST5文件）转换为参考序列对齐的信号。这一步是Tombo分析的第一步，称为“重抖动”（re-squiggle），即将原始纳米孔读取转换为参考序列对齐的信号。可以通过Conda安装Tombo，这是推荐的安装方法。tombo run --input input FAST5文件路径 --output output 输出文件路径 --model model 模型名称其中，input参数指定输入的FAST5文件路径，output参数指定输出文件路径，model。
Python库 | ont-tombo-1.4.tar.gz
05-20
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：ont-tombo-1.4.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
mods-nf:使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定
03-25
国防部 使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定 Nextflow管道中的步骤 使用seqkit将fastq文件转换为fasta文件 使用seqkit将fasta文件转换为包含所有读取ID的文本文件 使用软件ont-fast5-api （fast5_subset选项），使用文本文件中的读取ID提取相应的fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Guppy basecaller对这些分离的fast5文件进行basecall ，并带有--fast5_out选项 使用ont-fast5-api （multi_to_single_fast5选项）将这些多fast5文件（从基本调用）转换为单fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Tombo软件，将这些单个fast5文件与参考程序对照起来 最后，使用nanoDoc预处理经过tombo约束的fast5s
Oxford Nanopore Technologies实战应用之电信号比对工具Tombo
m0_67672416的博客
04-17 834
对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(A/T/G/C)之间的对应关系。那么，有没有软件可以实现这种功能呢？答案是ONT官方发布的软件Tombo。其实使用tombo resquiggle进行电信号比对还有许多细节需要注意，有兴趣的读者可以参考其说明书(
Tombo (U):具有多语言笔记支持的 Tombo-开源
06-30
UNICODE是一种全球通用的字符编码标准，能够表示世界上几乎所有的文字系统，包括汉字、拉丁字母、希腊字母、阿拉伯字母等，确保了用户无论使用何种语言都能在Tombo (U)中轻松创建和管理笔记。 【描述】"Tombo (U) ...
linux安装ont-tombo出现的问题及解决方案
G_P_Liu的博客
02-27 544
tombo作为fast5格式数据的可视化工具及检测碱基修饰的基础工具，对于nanopore测序数据的分析至关重要。尽管官方文档给出了conda和pip两种安装方式，但实际操作中总会遇到各种问题。本文总结了自己的安装过程中遇到的错误，并根据公开资料整理了相应的解决方案。希望能够对nanopore数据分析的初学者有所帮助。
nanopolish中fast5文件multi_to_single和ont_fast5_api的使用
weixin_41869644的博客
04-01 3039
1.针对许多reads-id合并的fast5文件，我们需要使用ont_fast5_api去根据reads-id拆分成单个fast5文件。 conda create -y --name ont-fast5-api python=3.6 #创建py版本为3.6的虚拟环境 conda activate ont-fast5-api #进入虚拟环境 pip install ont-fast5-a...
deepsignal:使用Nanopore测序读数中的信号水平特征检测甲基化
05-01
消息 2021.03.15：我们开发了 。 与deepsignal相比，deepsignal2的DNN模型尺寸要小得多，在人类5mCpG检测中的性能要好一些。 深度信号 一种从牛津纳米Kong测序读物中检测DNA甲基化状态的深度学习方法。 DeepSignal构建了BiLSTM + Inception结构，以检测来自Nanopore读数的DNA甲基化状态。 它使用Tensorflow和Python 3构建。 内容 安装 deepsignal建立在Python3上。 运行深度信号之前，需要使用tombo重新采集来自纳米Kong读取的原始信号。 先决条件： Python 3. * 张量流（1.8.0 <=张量流<= 1.13.1） 通气 依存关系： 麻木h5py 统计模型scikit学习 1.创建环境 我们强烈建议使用虚拟环境来安装DeepSignal及其依赖项。 可以使用conda如下
make-multiFASTA:使用该文件夹中的所有FASTA文件创建一个multiFASTA
04-06
制造多重FASTA 使用该文件夹中的所有FASTA文件创建一个multiFASTA。
tombo resquiggle遇到的多种错误及解决方案
G_P_Liu的博客
03-01 751
运行tombo resquiggle过程中遇到的一些问题及解决方案。
2020.8.26丨Nanopore甲基化测序产品概述
08-26 2307
一、Nanopore甲基化 基本概念 甲基化属于表观遗传 遗传学： 基于基因序列改变所致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星（SSR） 等 表观遗传学： 指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变化等 表观遗传现象：DNA甲基化（去甲基化）、基因组印记、休眠转座子激活、母体效应、基因沉默、核仁显性、RNA编辑等 表观遗传学的常见机制 DNA 甲基化：化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现； l 组蛋白修饰
甲基化检测软件——DeepSignal
weixin_41869644的博客
05-15 1783
1.deepsignal是基于Python3构建的。 conda create -n deepsignalenv python=3.6 #创建python版本为3.6的deepsignalenv的虚拟环境 conda activate deepsignalenv #进入虚拟环境 git clone https://github.com/bioinfomaticsCSU/deepsign...
RRBS甲基化分析流程
热门推荐
生物医学信息学博客
06-02 2万+
RRBS甲基化流程 分析流程 和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用R包methlykit以及edmr，还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令 比对流程 首先进行fastqc质量鉴定，如果需要的话，再去除接头，PS：...
Nanopore测序
wangprince2017
11-02 2763
目前Nanopore卖点主要是两个角度：第一是Nanopore的读长长，某些情况下能够达到单条上M，但是这种情况可遇而不可求，很多时候只存在于宣传册上。另一个则是Nanpore便宜，这样就能够保证测序深度，从而提高组装质量。 但是Nanopore也有一个劣势，那就是它的错误谱(error profile)和PacBio不一样，并非随机，而是主要集中在homopolymer。因此PacBio在纠错...
DNA甲基化检测服务
weixin_30780221的博客
10-19 377
DNA甲基化检测服务 DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关，比如在...
基于昆虫复眼的图像重构正则化算法
"受昆虫复眼系统启发的图像重构算法是一种优化了迭代反投影算法的图像处理技术，旨在提高在TOMBO模型构建中的效率和噪声平滑效果。该算法结合了自适应总变差正则化因子和双边总变差正则化因子，能够更好地保留图像的...
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