基于全基因组测序(WGS)的分子分型技术在食源性疾病上的应用

食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题，早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展，基于全基因组测序（WGS）的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和爆发溯源调查中显示出极大的应用价值和发展潜力。在食品安全领域，越来越多的研究机构和监管部门将全基因组测序技术应用于食源性疾病疫情爆发的识别和监测, 并基于此技术进行疾病溯源追踪和污染调查等。

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基于全基因组测序的分型技术不仅可以快速检测病原菌, 而且具有较高的准确度和分辨率。而WGS技术的推广和使用需要解决庞大基因组数据的传输、储存、快速计算和精准比对，需要成熟易用的生物信息学分析流程和标准化解释系统。针对上述问题研究团队搭建了我国首个全基因组数据计算云引擎，将标准化的WGS数据分析流程转移到云端，大大降低了WGS数据分析、运算及使用门槛。还开发了常见食源性致病菌毒力因子、耐药基因、血清分子分型、wgMLST分析、wgSNP等自动化分析功能模块，有助于各级实验室开展食源性微生物遗传与变异特征、致病和耐药机制及菌株进化等方面的基础研究。