代谢组数据分析（六）：基于报告分数的代谢组功能分析

已于 2025-02-21 17:24:07 修改
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分类专栏： 代谢组数据分析 文章标签： 数据分析 数据挖掘 r语言 数据可视化
于 2024-05-21 10:49:29 首次发布
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本文介绍了使用R包ReporterScore进行代谢组数据分析的详细步骤，包括加载R包、数据导入与准备、运行ReporterScore进行功能分析、可视化结果以及自定义数据库。ReporterScore提供了一种无需阈值的GRSA方法，支持多组和纵向实验设计，适用于基因、化学化合物和微生物种类的分析。此外，还讨论了如何利用内置的KEGG、GO数据库以及自定义数据库进行通路富集分析。

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介绍

受经典“RSA”方法的启发，我们开发了改进的“基于广义报告者得分的分析（GRSA）”方法，并将其实现在R包“ReporterScore”中，同时配套了全面的可视化方法和通路数据库。“GRSA”是一种无需阈值的方法，适用于所有类型的生物医学特征，如基因、化学化合物和微生物种类。重要的是，“GRSA”支持多组和纵向实验设计，这是因为它包含了多组兼容的统计方法。

相比先前的基于ORA和GSEA方法，GRSA是基于拓扑学进行功能分析，这里我们使用ReporterScoreR包进行功能富集分析。

ReporterScore包内置了KEGG通路、模块、基因、化合物和GO数据库，并且允许用户自定义数据库，使其与来自不同组学数据的特征丰度表兼容。

  1. 对于KO丰度表，ReporterScore内置了KEGG通路-KO和模块-KO数据库（2023年8月版）。您可以使用

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### 构建任务失败解决方案 当遇到 `Execution failed for task ':app:shrinkReleaseRes'` 错误时，这通常意味着资源压缩过程中出现了问题。此错误可能由多种原因引起，包括但不限于配置不正确、依赖冲突或特定于项目的其他因素。 #### 可能的原因分析 1. **ProGuard 或 R8 配置不当** ProGuard 和 R8 是用于优化和混淆代码以及减少 APK 大小的工具。如果这些工具的配置存在问题，可能会导致资源无法正常处理[^1]。 2. **重复资源** 如果项目中有多个模块定义了相同的资源名称，可能导致冲突并引发该错误。检查是否存在重名的 drawable、string 等资源文件[^2]。 3. **第三方库兼容性** 某些第三方库可能与当前使用的 Gradle 插件版本或其他库存在兼容性问题，从而影响到资源打包过程中的行为[^3]。 4. **Gradle 缓存问题** 有时旧缓存数据会干扰新编译的结果，尝试清理本地仓库和重新同步项目可以帮助排除此类潜在障碍[^4]。 #### 推荐的操作方法 为了有效解决问题，建议按照以下步骤逐一排查： ```bash # 清理项目构建目录 ./gradlew clean # 删除 .gradle 文件夹下的所有内容以清除缓存 rm -rf ~/.gradle/caches/ ``` 调整 `build.gradle` 中的相关设置也是一个重要环节： ```groovy android { ... buildTypes { release { minifyEnabled true // 是否启用代码缩减 shrinkResources true // 是否开启资源压缩 proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android-optimize.txt'), 'proguard-rules.pro' // 尝试禁用 shrinkResources 来测试是否为资源压缩引起的错误 // shrinkResources false } } } ``` 此外，在 `proguard-rules.pro` 文件内添加必要的保留规则，防止关键类被意外移除: ```text -keep class com.example.yourpackage.** { *; } # 替换为你自己的包路径 -dontwarn androidx.**,com.google.** # 忽略警告信息 ``` 最后，确保所使用的 Android Studio 版本是最新的稳定版，并且已经应用了所有的补丁更新。
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