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介绍
R语言物种相对丰度的Rank-Abundance曲线(Rank-Abundance plot)。
Rank-abundance曲线(丰度等级曲线)是用于分析微生物群落多样性的一种工具。其构建方法是统计单一样本中每个OTU(操作性分类单元)所含的序列数,将OTUs按丰度由大到小排序,然后以OTU的等级为横坐标,以每个OTU中所含的序列数(或其相对百分含量)为纵坐标绘制曲线。
Rank-abundance曲线可以反映两个方面的信息:
- 物种丰度:曲线在横轴上的宽度反映了物种的丰度。曲线越宽,说明群落中物种的丰度越高。
- 物种均匀度:曲线的形状(平滑程度)反映了群落中物种的均匀度。曲线越平缓,说明物种分布越均匀。