TransUNet：用于医学图像分割的Transformers

最新推荐文章于 2025-03-27 10:46:16 发布
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分类专栏： 医学图像分割 文章标签： 计算机视觉 pytorch 深度学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/JalexDooo/article/details/115698697
版权

Transformer

Transformer也太火了，终于在医学图像分割领域用上了。

TransUNet: Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation

作者分享了源码，感兴趣的可以看看。

把论文代码复现了一遍，做了少量修改，主要是将GroupNorm改成了BatchNorm，修个了一些层数和参数。

用在了大脑胶质瘤分割上，2D的处理方式，论文也是2D的处理形式，实在差劲；然后改成3D处理，还是差劲。

原图1
原图2

2D处理

2D分割

3D

3D分割

看上去2D处理效果仿佛不错，但是

最低0.47元/天 解锁文章
TransUNet:Transformers医学图像分割强编码器
慕云
03-07 2408
0、研究内容 医学图像分割是医疗系统开发的必要前提，特别是疾病诊断和治疗规划。在各种医学图像分割任务中，U-Net结构已经成为事实上的标准，并取得了巨大的成功。然而，由于卷积操作固有的局部性，U-Net在显式地建模远程依赖关系方面通常存在局限性。用于序列到序列预测的transformer已经成为具有固有全局自注意机制的替代架构，但由于缺乏低层细节，可能导致定位能力有限。在本文中，我们提出TransUNet，它兼具transformer和U-Net的优点，作为一种强有力的医学图像分割替代方案。一方面，Tran
改进创新TransUNet图像分割
09-12 1969
Transformer与UNet的融合：该模型采用了TransUNet架构，将Transformer的多头自注意力机制与经典的UNet结构相结合。这是模型的核心创新点之一。UNet通过编码器-解码器架构进行精细的特征提取和图像复原，而Transformer通过自注意力机制能够捕捉到全局的上下文信息，提升模型在复杂图像分割任务中的表现。通过这种融合，模型不仅能够保留局部特征信息，还可以获取到跨区域的全局依赖，提高了分割的准确性。预训练的ResNet50作为编码器。
TransUNet：用于医学图像分割的Transformers强大编码器
阿木寺的博客
02-17 7919
同时具有Transformers和U-Net的优点，性能优于AttnUNet、V-Net等网络，代码刚刚开源！（按这样搞，TransVNet、TransYOLO应该也快来了，手动狗头） 注1：文末附【Transformer】和【医疗影像】交流群 注2：整理不易，欢迎点赞，支持分享！ TransUNet: Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation 作者单位：JHU, 电子科大, 斯坦福大学等 代码：Beckschen/
Transformer+Unet到底是谁想出来的点子！用来创新真的绝绝子啊！
最新发布
m0_59164520的博客
03-27 516
Transformer和UNet是两种常见的图像分割架构。然而，在图像分割时，Transformer由于low-level细节不足，存在定位能力不足的问题；而UNet则在显式建模长期依赖关系方面局限性大。。因此，如果你正在纠结医学图像方向怎么找创新点，那不妨来看看这个方向！今天我也在这里给大家分享三个，帮助大家轻松找到医学图像分割的创新点！
医学图像分割2 TransUnet:Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation
yumaomi的博客
10-10 5098
本文介绍了医学图像处理领域的TransUnet模型，TransUnet模型主要由ResNet50、Vision Transformer组成。
【图像分割】TransUNet学习笔记
baidu_41896327的博客
01-14 1万+
学习目标： 提示：这里可以添加学习目标 例如：一周掌握 Java 入门知识 学习内容： 提示：这里可以添加要学的内容 例如： 1、 搭建 Java 开发环境 2、 掌握 Java 基本语法 3、 掌握条件语句 4、 掌握循环语句 学习时间： 提示：这里可以添加计划学习的时间 例如： 1、 周一至周五晚上 7 点—晚上9点 2、 周六上午 9 点-上午 11 点 3、 周日下午 3 点-下午 6 点 学习产出： 提示：这里统计学习计划的总量 例如： 1、 技术笔记 2 遍 2、CSDN 技术博客
TransUNet：Transformers Make Strong Encoders for Medical Image Segmentation用于医疗图像分割的transformers编码器详解
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weixin_43656644的博客
03-20 1万+
原文地址：https://arxiv.org/pdf/2102.04306.pdf 收录：CVPR 2021 代码:https://github.com/Beckschen/TransUNet 首篇将transformers用于医疗分割的文章 设计的Idea：UNet +transformers的结合体，使用的具体模块:ViT+ResNet50+skip connection 对关键的公式，和结构图进行了个人的一些注释，供大家参考。 摘要 在医学图像中， U-Net, 已经成为了 de-f..
5.23.9 TransUNet：Transformers 为医学图像分割提供强大的编码器
qq_47896523的博客
05-24 1768
U-Net 由对称的编码器-解码器网络组成，具有跳跃连接以增强细节保留，已成为事实上的选择。基于这种方法，在广泛的医学应用中取得了巨大的成功，例如磁共振（MR）的心脏分割、计算机断层扫描（CT）的器官分割和息肉从结肠镜检查视频中分割。与之前基于 CNN 的方法不同，Transformers 不仅在建模全局上下文方面功能强大，而且在大规模预训练下也表现出了对下游任务的卓越可迁移性。
TransUnet
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09-14 539
一、概述 CNN的局限性：对于在纹理、形状和大小方面显示出较大患者间差异的目标结构表现不佳。 二、TransUnet 输入：x∈RH×W×Cx\in \R^{H\times W \times C}x∈RH×W×C 目标：预测大小为H×WH\times WH×W的像素级labelmap 2.1 Encoder 2.1.1 Image Sequentialization   将输入xxx展开为一系列二维patch，xpi∈RP2C˙∣i=1,...,N{x_p^i \in \R^{P^2\dot C
transUnet
sunshengfeng的博客
10-28 1841
transUnet阅读笔记
机器学习笔记 - TransUNet 用于医学图像分割的编码器
学以致用 知行合一
09-14 1924
医学图像分割是发展医疗保健系统的必要前提，尤其是疾病诊断和治疗计划。在各种医学图像分割任务上，u形架构，也称为U-Net，已经成为事实上的标准并取得了巨大的成功。然而，由于卷积操作的固有局部性，U-Net 通常在显式建模远程依赖方面表现出局限性。为序列到序列预测而设计的 Transformer 已成为具有先天全局自注意力机制的替代架构，但由于低级细节不足，可能导致定位能力有限。在论文中，提出了 TransUNet，它兼具 Transformers 和 U-Net，作为医学图像分割的强大替代方案。
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03-05
变压器-Unet 使用变压器编码器的Unet实现
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如果想成为中心，那么就到中心去吧。
03-16 2855
文章目录1 摘要2.论文的贡献3 方法3.1 编码器Transformer3.2 TransUNet4 结论 1 摘要 医学图像分割是发展医疗保健系统，特别是疾病诊断和治疗规划的必要前提。 在各种医学图像分割任务中，U形体系结构，也称为U-Net，已成为事实标准，并取得了巨大的成功。 然而，由于卷积操作的内在局部性，U-Net通常证明了显式建模远程依赖的局限性。 变形金刚，设计用于序列到序列预测，已成为具有先天全局自我关注机制的替代架构，但由于低级别细节不足，可能导致有限的定位能力。 在本文中，我们提出了T
pytorch实现分割模型TransUNet
wwimhere的博客
03-10 9415
TransUNet是一个非常经典的图像分割模型。该模型出现在Transformer引入图像领域的早期，所以结构比较简单，但是实际上效果却比很多后续花哨的模型更好。所以有必要捋一遍pytorch实现TransUNet的整体流程。首先，按照惯例，先看一下TransUNet的结构图：根据结构图，我们可以看出，整体结构就是基于UNet魔改的。
基于Transformer的医学图像分类研究
qq_47896523的博客
03-28 2346
特征金字塔Transformer模型
5.14.6 TransMed：Transformer推进多模态医学图像分类
qq_47896523的博客
05-21 4666
TransMed 结合了 CNN 和 Transformer 的优点，可以有效地提取图像的低级特征并建立模态之间的远程依赖关系。我们在两个数据集（腮腺肿瘤分类和膝盖损伤分类）上评估了我们的模型。将 Transformer 应用于计算机视觉任务的方法。与文本相比，图像涉及更大的尺寸、噪声和冗余模态。人们提出了大量基于 Transformer 的方法，例如用于目标检测的 DETR [2]、用于语义分割的 SETR [3]、用于图像分类的 ViT [4] 和 DeiT [5]。
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Warmer_Sweeter
03-01 1883
这篇文章的重点是Vision Transformer（ViT）及其在实际问题中的应用。Transformer架构已经成为自然语言处理任务的事实标准。什么是Vision Transformer（ViT）？ViT架构基于图像表示，将图像表示为一组补丁。图像补丁是大小为16x16像素的非重叠图像块。例如，在分辨率为224x224的图像中，有(224 / 16) (224 / 16) = 14 14 =...
TransUnet医学图像分割
03-04
### TransUnet 医学图像分割使用方法教程 #### 一、TransUnet简介 TransUnet是一种融合了Transformers和U-Net结构的新型深度学习模型，专为医学图像分割设计。该模型能够有效捕捉全局上下文信息并保持空间细节[^2]。 #### 二、环境搭建 要运行TransUnet项目，需先安装Python及其依赖库。推荐创建虚拟环境以隔离不同项目的包版本冲突。具体命令如下： ```bash conda create --name transunet python=3.8 conda activate transunet pip install torch torchvision torchaudio pip install -r requirements.txt ``` 其中`requirements.txt`文件应包含所有必要的第三方模块列表。 #### 三、数据准备 对于医学影像处理而言，高质量的数据集至关重要。可以考虑采用公开可用的标准测试集合如BraTS脑肿瘤分割挑战赛提供的MRI扫描图片作为训练样本。下载完成后按照官方文档说明整理成适合喂入网络的形式。 #### 四、配置参数设置 编辑配置文件config.py定义超参数选项，比如批次大小(batch size)，迭代次数(num_epochs)等影响最终效果的关键因素。这部分可以根据实际硬件条件和个人需求灵活调整。 #### 五、构建与训练模型 加载预训练权重初始化部分层参数有助于加速收敛过程；接着实例化自定义损失函数类LossFunction()以及优化算法对象optimizer。最后调用fit()接口启动整个流程直至满足停止准则为止。 ```python from model import VisionTransformer as ViT_seg import config as cfg net = ViT_seg(cfg.config_vit, img_size=cfg.img_size, num_classes=cfg.num_classes).cuda() loss_fn = LossFunction().cuda() optim = optim.AdamW(net.parameters(), lr=lr) for epoch in range(epochs): ... ``` #### 六、评估预测结果 完成一轮完整的周期之后保存最佳状态字典至本地磁盘以便后续部署应用阶段读取恢复。同时编写辅助脚本计算各类评价指标衡量泛化能力的好坏程度。 ```python torch.save(model.state_dict(), 'best_model.pth') metrics = evaluate(test_loader, net) print(f"Dice score:{metrics['dice']:.4f}") ``` #### 七、可视化展示 借助matplotlib/seaborn等绘图工具直观呈现前后对比情况加深理解记忆点。也可以尝试其他开源平台分享成果吸引更多同行交流探讨共同进步成长。 ```python plt.figure(figsize=(10,5)) plt.subplot(1,2,1), plt.imshow(image.squeeze()), plt.title('Original Image') plt.subplot(1,2,2), plt.imshow(mask_pred.detach().cpu().numpy().squeeze()), plt.title('Predicted Mask') plt.show() ```
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