简单使用limma做差异分析

最新推荐文章于 2024-02-14 20:12:31 发布

weixin_30675967

最新推荐文章于 2024-02-14 20:12:31 发布

阅读量5.4k

点赞数 5

文章标签： python r语言

原文链接：http://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9937322.html

版权

首先需要说明的是，limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析，按照其文章所说：

limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expression experiments.

在这我只是对其中的一种情况进行简单的总结，比如这个包可以处理RNA-Seq数据，我简单的以两个比较组进行分组为例，至于其他分组情况，请看limma说明文档，有非常详细的说明，非常亲民。

首先我们还是输入count矩阵，这里也跟其他差异分析R包一样，不要输入已经标准化的数据。顺便也加载下edgeR这个R包

library(limma) library(edgeR) counts <- read.table(file = "conut_all.txt", sep = "\t", header = TRUE, row.names = 1, stringsAsFactors = FALSE)

关注