#kegg:基因功能存储在pathway数据库里
rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~
load(file = 'deg.Rdata')
head(deg)
## 不同的阈值,筛选到的差异基因数量就不一样,后面的超几何分布检验结果就大相径庭。
logFC_t=1.5
deg=nrDEG
deg$g=ifelse(deg$P.Value>0.05,'stable',
ifelse( deg$logFC > logFC_t,'UP',
ifelse( deg$logFC < -logFC_t,'DOWN','stable') )
)
table(deg$g)
head(deg)
deg$symbol=rownames(deg)
library(ggplot2)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
df <- bitr(unique(deg$symbol), fromType = "SYMBOL",
toType = c( "ENTREZID"),
OrgDb = org.Hs.eg.db)
head(df)
DEG=deg
head(DEG)
#merge函数:将两个数据集合并
#用于指定依据哪个列合并,常用于当两个数据集公共列名不一样的时候;
DEG=merge(DEG,df,by.y='SYMBOL',by.x='symbol')
head(DEG)
#标注好的差异基因
save(DEG,file &#
GEO数据分析Step3
最新推荐文章于 2024-05-17 23:29:48 发布
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