GEO数据分析step1

最新推荐文章于 2024-07-14 23:39:06 发布

JiangCaifu

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分类专栏：生物信息文章标签： R

本文链接：https://blog.csdn.net/JiangCaifu/article/details/101230542

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本文介绍了使用R语言处理GEO数据的第一步，包括数据的下载和预处理过程，为后续的深入分析奠定基础。

摘要由CSDN通过智能技术生成

第一步下载数据并且预处理

library("FactoMineR")

library("factoextra")

library("ggplot2")

library(GSEABase)

library(GSVA)

library(clusterProfiler)

library(genefu)

library(ggplot2)

library(ggpubr)

library(hgu133plus2.db)

library(limma)

library(org.Hs.eg.db)

library(pheatmap)
library(BiocGenerics)
library(parallel)
rm(list = ls())  ## 魔幻操作，一键清空~
options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型
# 注意查看下载文件的大小，检查数据 
f='GSE42872_eSet.Rdata'

library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
#下载基因表达文件保存到本地，其中注释文件和平台文件都设为 发F，
#只下载表达矩阵
if(!file.exists(f)){
  gset <- getGEO('GSE42872', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 getGPL =