GEO数据库原始数据处理GSE149507_RAW.tar

下载四个为例：存放到工作路径中

library(GEOquery)
library(dplyr)
library(tidyverse)
library(affy)
data <- ReadAffy()#读取得到S4对象

第一步：质量控制（直接观察，平均值方法，数据拟合方法分别由image函数，simpleaffy包，affyPLM包实现）
1、直接观察：图像特别黑，说明型号的强度低，图像特别亮，说明信号强度可能过饱和。（在灰度图中不要出现大面积的黑色或白色即可）
# 查看第一张芯片的灰度图像
image(data[,1])
data[,1]

 2、simpleaffy包获取质量分析报告，但这个包好像是基于3.0.0以下版本的R软件，所以没有实现。
第一列为所有样本的名称
第二列为检出率和平均背景噪声
第三列蓝色为实现尺度尺子，取值（-3，3），圆形不能超过1.25，否则数据质量不好，三角形不能超过3，否则数据质量不好
bioB说明芯片检测质量没有达标

3、affyPLM包
根据计算结果画权重图，残差图和残差符号图。同样，不要出现大面积异类颜色即可。
library(affyPLM)
Pset <- fitPLM(data)
#### 根据计算结果，