生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视化工具 visNano

软件简介

visNano 其主要是对下机数据的fastq文件以及经过比对后的bam文件进行可视化的summary，该软件发布在github上，具体用法可以自行研究，下面会展示绘制的可视化图效果。

安装

1. conda安装依赖

# conda 安装所需依赖
conda install numpy pandas tqdm matplotlib samtools

2. git clone获取软件包

windows 系统下可安装git软件，通过git bash下载该软件包

github地址：

https://github.com/renzilin/visNano

linux 系统可直接在指定目录下使用以下命令完成克隆

git clone https://github.com/renzilin/visNano.git

使用方法

# 查看软件帮助
python visNano.py -h

安装成功后运行以上命令会出现以下结果

软件功能如下

使用示例

1. fq信息可视化

目前软件fq文件输入不支持.gz文件，可使用以下命令对.gz文件进行解压后进行可视化

gzip -d ./sample1.fq.gz  # 解压当前目录下.gz文件

python /public/software/visNano/visNano.py fq \
     --fq ./sample1.fq \  # 当前目录下fq文件
     --s sample1

源代码解析如下：
gzip

2. bam信息可视化

python /public/software/visNano/visNano.py bam \
     --s sample1 \
     --b ./sample1.bam \  # 当前目录下bam文件
     --st /public/software/samtools

运行后软件需等待一段时间，开始运行后显示以下进度条
运行结束后，在LOG-visnano文件下会出现一张.jpg可视化的图片。
其中–s输入为样本ID，–b输入为bam/sam文件路径，–st为samtools软件路径
samtools 软件路径查看可使用which:

which samtools

# 如果which samtools无法显示软件路径，可使用find命令查找
find / -name samtools

源代码解析如下：

3. bam+bed信息可视化

python /public/software/visNano/visNano.py bed \
     --s sample1 \
     --b ./sample1.bam \  # 当前目录下bam文件
     --bd ./sample1.bed \    # 当前目录下bed文件
     --st /public/software/samtools

可视化和上面用法类似，可以自行实践。

源代码解析如下：

Fastq文件信息可视化

BAM文件信息可视化

BAM+BED文件可视化