生信技能72 - 三代测序比对+矫正+组装质量评估+覆盖度计算及生成覆盖图

三代测序比对+矫正+组装质量评估+覆盖度计算及生成覆盖图

1. 基础软件安装

conda install minimap2 -y
conda install samtools -y

# Pilon 是一个用于基因组校正的 Java 工具
wget https://github.com/broadinstitute/pilon/releases/download/v1.24/pilon-1.24.jar

# QUAST 是一个用于评估基因组组装质量的工具
pip install quast

# Mosdepth 是一个快速的深度计算工具
wget https://github.com/brentp/mosdepth/releases/download/v0.3.11/mosdepthh
chmod +x mosdepth