R包vegan的冗余分析(RDA)

冗余分析(Redundancy analysis,RDA)是一种回归分析结合主成分分析的排序方法,也是多响应变量(multi-response)回归分析的拓展。在群落分析中常使用RDA,将物种多度的变化分解为与环境变量相关的变差(variation;或称方差,variance,因为RDA中变差=方差;由约束/典范轴承载),用以探索群落物种组成受环境变量约束的关系。

RDA的基本概念及其在群落分析中的应用,可参考前文

本篇以某16S扩增子测序所得细菌群落数据,简介R包vegan的冗余分析(RDA)过程。

示例文件、R脚本等的百度盘链接:

https://pan.baidu.com/s/18xTqAZPa2Al2sDQpS1ysFA

某研究对三

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rda和cca是一种统计方法,用于分析生态数据。在R语言中,我们可以使用vegan进行rda/cca分析。 首先,我们需要安装并加载vegan。可以使用以下代码: ``` install.packages("vegan") library(vegan) ``` 接下来,我们需要准备数据。数据应该是一个数据框,其中行表示样本,列表示物种或环境因子。如果有环境因子的信息,我们还需要将其编码为一个分类变量。 然后,我们使用rda函数来进行rda分析rda函数接受两个参数:一个生态数据的数据框和一个可选的环境因子的数据框。以下是一个使用rda函数的例子: ``` result <- rda(data, factors) ``` 其中,data是一个数据框,含生态数据,factors是一个可选的环境因子的数据框。 使用cca函数进行cca分析的过程与rda类似。以下是一个使用cca函数的例子: ``` result <- cca(data, factors) ``` 分析结果将保存在result对象中。我们可以使用summary函数来查看结果的摘要统计信息。例如: ``` summary(result) ``` 我们还可以使用plot函数来可视化分析结果。可以绘制生态数据的排序图、环境因子的约束关系图等。例如: ``` plot(result, type="biplot") ``` 通过添加相关性箭头,biplot函数可以将物种和环境因子的排序图绘制在同一张图上。 以上是使用rda和cca进行分析的基本步骤。根据具体的分析需求,我们还可以对结果进行更深入的统计和图形分析

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