R 画PCA图

美化普通的二维PCA图

本次示例使用R语言自带的iris数据集。

加载包和数据

library(ggplot2)
library(factoextra)
library(FactoMineR)

取数据的前4列进行主成分分析和画图：

df <- iris[c(1:4)] # 使用数据的前四列
iris.pca<- PCA(df, graph = FALSE) # 主成分分析
fviz_pca_ind(res.pca,
             geom.ind = "point", # 只显示点
             pointsize =3, # 点的大小
             pointshape = 21, # 点的形状
             fill.ind = iris$Species, # 分组颜色
             palette = "lacent", # c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")
             addEllipses = TRUE, # 增加置信椭圆
             legend.title = "Groups", # 图例标题
             title="") +
  theme_bw() + # 和ggplot2对接进行美化
  theme(text=element_text(size=14,face="plain",color="black"),
        axis.title=element_text(size=16,face="plain",color="black"),
        axis.text = e