R 语言 BRCA.mRNA数据集 分析

最新推荐文章于 2022-10-29 16:41:22 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： r语言 开发语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/126013606
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本文通过R语言加载并分析BRCA.mRNA数据集，展示了如何提取基因表达信息，特别是关注PAX8、GATA-3和雌激素受体基因，使用boxplot进行可视化。同时提到了expressionsTCGA()和tidyr库在数据处理中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

让我们加载基因表达数据。

library(RTCGA.mRNA)
?mRNA

看一下BRCA.mRNA数据集的大小，显示几行和几列。


dim(BRCA.mRNA)
BRCA.mRNA[1:5, 1:5]

# Take the mRNA data
BRCA.mRNA %>% 
  # then make it a tibble (nice printing while debugging)
  as_tibble(
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R 语言分析 BRCA mRNA 数据集
ScriptCharm的博客
08-26 141
R 语言分析 BRCA mRNA 数据集在生物学研究中，分析基因表达水平是了解生物过程和疾病发展的重要手段之一。BRCA 基因是与乳腺癌和卵巢癌等肿瘤相关的重要基因。本文将使用 R 语言对 BRCA 基因的 mRNA 数据集进行分析，以探索其在肿瘤中的表达情况。首先，我们需要获取 BRCA 基因的 mRNA 数据集。假设我们已经从公共数据库或其他来源获取到了该数据集，接下来将介绍如何使用 R 语言进行数据分析。
TCGA-BRCA-mRNA表达数据——乳腺癌表达及临床数据集整理
04-05
TCGA-BRCA数据集已经整理成LCPM格式，临床数据已经汇总整理。 LCPM格式即log2(CPM+1)格式，现在认为log2(TPM+1)和log2(FPKM+1)格式比较过时了。部分生信文章审稿人推荐使用此格式分析数据
生物信息学概论——聚类分析TCGA-BRCA数据
毕业作品网站
05-09 2308
生物信息学概论 Homework2 UCSC (University of California at Santa Cruz) 中的 Cancer Genome Browser (https://genome-cancer.ucsc.edu/) 平台提供了大量的肿瘤数据，尤其是包含了不同肿瘤的多层次组学数据并提供免费下载。本次作业，我们从其中下载了500多例病人乳腺癌的基因芯片数据(转录组)并已经过预处理，保存在 GeneMatrix.txt 和 clinical_data.txt 这两个文件中。 作业
乳腺癌数据分析报告和数据集
06-30
包含乳腺癌数据分析报告一份，数据集一份。作为《数据分析之乳腺癌预测》博客的补充。 博客如下：https://blog.csdn.net/ruoyunliufeng/article/details/79369142?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522171971754816800184199138%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fblog.%2522%257D&request_id=171971754816800184199138&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~blog~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-1-79369142-null-null.nonecase&utm_term=%E4%B9%B3%E8%85%BA%E7%99%8C&spm=1018.2226.3001.4450
生物信息学概论——聚类分析TCGA-BRCA数据.zip
07-05
利用R软件或其他数据分析语言，进行该数据的聚类分析。利用层次聚类，对该组数据样本按照基因表达水平进行聚类，看聚类效果如何。即是否能够按照基因表达水平，将病人进行分类。距离可以选择average。注，R中有相应...
TCGA-BRCA-mRNA表达数据（TPM）-乳腺癌表达及临床数据集整理
01-18
总之，TCGA-BRCA-mRNA表达数据集是一个宝贵的资源，对于深入理解乳腺癌的分子机制、发现新的生物标志物以及潜在治疗靶点具有重要意义。在分析过程中，正确的数据处理（如log2转换）和结合临床信息，将有助于揭示更多...
利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息
悟道西方
03-11 1万+
UCSC xena 数据库可以下载TCGA、TARGET等数据，非常便捷，下载后的数据需要用R进行一些处理：一. 表达数据的ID转换，并识别对照组（Normal）和肿瘤组（Tumor）；...
TCGA里面的任意基因做生存分析 批量生存分析 批量生存分析
生信小博士的博客
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在进行下一步之前，我居然突发奇想，我想看一看，这个表达数据里面哪些基因的NA值最多，有没有NA值多过样本数量一般的基因呢？这是来自临床医生的视角，研究疾病，最终希望能够服务临床，临床离不开诊断和治疗，假设一个基因的表达对肿瘤的预后有影响，他很可能就是我的盘中餐。好在，我碰到了嘉因生物的小哈，小丫，她在他们的微信号里写了一系列这方面的帖子，我很受启发，但是技术方面要求很高，我在当时实现不了。这时候把癌和癌旁的数据作差异分析，得到的基因与今天获得的基因取交集，就可以获得又差异表达，又对生存有影响的基因了。
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08-25 1884
从文献中获取mRNA测序数据
PGM_BRCA:使用 DFG PGM 框架分析 BRCA TCGA 数据集的模型
06-16
PGM_BRCA 使用 DFG PGM 框架分析 BRCA TCGA 数据集的模型
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10-21
介绍R语言用于统计分析差异表达，来源课程内部讲义，注重实战！
整合多组学数据进行分型之MOVICS
weixin_46280807的博客
01-23 2675
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医学影像数据集
qq_32863339的博客
10-16 5884
转自：https://blog.csdn.net/sinat_37842336/article/details/80582948 1、肺结节数据库LIDC-IDRI： CSDN数据库介绍：http://blog.csdn.net/dcxhun3/article/details/54289598 数据库网址：https://wiki.cancerimagingarchive.net/displ...
R语言---使用RTCGA包获取TCGA数据---笔记整理
qq_39579290的博客
07-03 5914
原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247486585&idx=1&sn=3035f6420904aad2c8161b362cdeb472&chksm=9b484cc2ac3fc5d479fc5bce3d68d4666b763652a21a55b281aad8c0c4df9b56b4d3b353cc4c&scene=21#wechat_redirect 1.什么是RTCGA包？RTC
[个人笔记]R语言入门，个人查找手册 + mRNA数据预处理
YuQiao0303的博客
06-25 745
title: data_preprocess author: YuQiao date: 2021/5/11 output: html_document 读取数据 用csv的方式读取原始数据： RNAFile = "mRNA_FPKM_UQ.txt" #result = readLines(RNAFile) data <- read.csv(RNAFile, encoding="UTF-8",sep="\t") print(class(data)) 删除重复数据 每一列是一个用户，每一列第一行是用.
利用R语言对RNA-Seq进行探索分析与差异表达分析
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自由 平等~忠诚 奉献
06-17 4万+
介绍本文参考 bioconductor 中RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression并对其根据需要进行了增减。 更多细节还请参考 http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/ 试验数据数据来源 Himes BE, Ji
关于RNA-seq数据集的小结
guomutian911的专栏
09-21 4040
关于数据集的小节： 1、reads：测序得到的小片段（类似：ATCCTA..GCTA） 2、counts：与已知序列（基因）比对上的reads个数（为整数，可能是个位数也可能是几千，与基因表达情况和测序深度有关） 3、由于不同基因的reads长度不同，从统计角度上看，需要采用FPKM或RPKM来排除随机抽样带来的偏倚。并且，不同的测序深度，直接影响counts的个数。 4、通常，如果数据集
如何用R语言下载TCGA BRCA的临床数据
最新发布
10-12
在R语言中，下载The Cancer Genome Atlas (TCGA)的BRCA（乳腺癌）临床数据通常需要借助于一些生物信息学库，如`cancergenomehub`、`TCGAbiolinks`或者直接访问火狐癌症基因组图谱（FireBrowse）网站的数据导出功能。以下是使用`TCGAbiolinks`库的一个简单示例： 1. 首先，确保你已经安装了必要的包。如果没有，可以使用`BiocManager`安装它们： ```R if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("TCGAbiolinks", "AnnotationHub")) ``` 2. 安装并加载`TCGAbiolinks`和`AnnotationHub`包： ```R library(TCGAbiolinks) library(AnnotationHub) ``` 3. 使用`getTCGAdata()`函数从Annotation Hub获取BRCA临床数据。这将下载包括临床信息在内的所有可用数据： ```R # 设置AnnotationHub服务器 ah <- AnnotationHub() ah_url <- getOption("AnnotationHub.url", "http://www.encodeproject.org") # 搜索TCGA-BRCA的数据集 query <- "TCGA-BRCA" brca_data <- findAssayData(hub=ah, species="human", annotationCategory="clinical", dataset=query) # 下载数据 tcga_brca_clinical <- fetch(brca_data$ids[[1]], source="TCGA", path=".") ``` 请注意，下载过程可能需要一段时间，并且可能需要处理大量的数据文件。此外，由于TCGA数据的隐私政策，部分数据可能受到限制，不能直接下载。
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