关于RNA-seq数据集的小结

最新推荐文章于 2024-12-28 18:14:27 发布
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分类专栏： 数据挖掘/机器学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/guomutian911/article/details/78048998
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本文介绍了测序数据处理过程中的基本概念，包括reads、counts及其统计校正方法FPKM和RPKM。阐述了不同基因reads长度及测序深度对counts的影响，并解释了如何通过查找数据来源来判断数据集中数值的具体含义。

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关于数据集的小节：

1、reads：测序得到的小片段（类似：ATCCTA..GCTA）
2、counts：与已知序列（基因）比对上的reads个数（为整数，可能是个位数也可能是几千，与基因表达情况和测序深度有关）
3、由于不同基因的reads长度不同，从统计角度上看，需要采用FPKM或RPKM来排除随机抽样带来的偏倚。并且，不同的测序深度，直接影响counts的个数。
4、通常，如果数据集都为整数，基本上可以判定是counts值，如果是小数，基本上可以判定是做整理后的FPKM或RPKM，这个就需要找到数据集的源头（NCBI或其它数据库）查看数据的说明
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