文献RNA-seq复现第1期——文献中mRNA测序数据的获取

本系列文章旨在记录一下个人（小白）在最初学习RNA-seq的过程中遇到的一些问题，以及解决问题的坎坷之路，希望可以帮到遇到同样问题的小白们～ // 非专业，有些部分理解尚浅，留情

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个人常用NCBI官方提供的sratoolkit工具https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit进行sra数据的读取、下载。个人使用的是学校实验室Linux集群，各大生信主流软件均已配备齐全，软件下载安装问题暂且略过～

测序数据准备

本文以现有网络转录组专题中的经典案例文献“AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors”为例，根据文献数据存储部分可知文章中所用RNA测序数据存储地址在GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/），ID为GSE81916 

首先进入GEO数据库官网，搜索框搜索数据存储ID（GSE81916）查看数据详细属性（Overall design），可知当前ID包含存有15份数据，其中Sample 9-15为我们所需要的mRNA测序数据，因此只需下载此部分数据。