不同分组差异基因数目的上下柱状图显示

Mrrunsen

于 2023-01-21 10:45:03 发布

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分类专栏： R语言大学作业文章标签： python 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/128745662

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下面是本来要复现的图：

在这里插入图片描述
有同学给我说了，这个图其实是有它的道理的，它其实显示的是，堆叠在一起的OM 与YM 的差异基因，各自有50多，合计对应Y 轴上的内容。

非常简单，假数据和绘图我一并写了：


# fake data
a1 <- data.frame(
  counts = c(-53, -40, -59, -39), #将a1显示在x轴下方
  type1 = c(rep("NK",2), rep("TC",2

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不同分组差异基因数目的上下柱状图显示

有同学给我说了，这个图其实是有它的道理的，它其实显示的是，堆叠在一起的OM 与YM 的差异基因，各自有50多，合计对应Y 轴上的内容。
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RNA-seq——六、差异基因富集分析（画一个上下调基因分别富集的双Y轴柱状折线图）

Dzfly

09-12

4762

写在前面——书接上回，通过绘制差异基因火山图，能够看出上下调基因的分布情况。这次我们通过对差异基因的GO富集分析，可以看到涉及到的具体通路，更进一步的了解实验变化。本文使用的数据集为私有数据集，不过绘图并不难，弄懂原理之后，套用在自己的数据上即可。

复现Nature medicine图表---堆叠柱状图显示每个样本上下调差异基因

qq_42090739的博客

03-30

1110

学习单细胞文章的时候，看到NM上一篇文章差异基因的显示方法。图形如下：先解释下这样展示的意义（举例可能并不是很恰当）：假设我们需要研究某个细胞群分为两个亚群，想要看这两个亚群之间的差异基因变化情况，就可以使用这种方法。先计算每个样本中这两群细胞的差异基因，再将所有样本合并，找出需要关注的基因，就可以作图了。因为我们演示数据并没有涉及这样的意义，所以偷懒用了不同群细胞的差异基因构建了用来演示的示例数据。图形本身是柱状图，而且是堆叠柱状图。那么作图需要以下因素，首先是纵坐标的LogFC，横坐

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04.两组比较_差异基因展示

TOP生物信息

05-05

2126

上一节介绍了两组比较中如何展示差异基因数目，这一节的内容更进了一步，我造了一种图，可以用来表示具体的差异基因。想象一下你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础分析之后，得到了A B C D等共享的亚群，现在你想知道在A亚群中，实验组和对照组比较有哪些差异基因。类似的场景也可以是你的数据有多个肿瘤患者，每个病人都有配对的原发灶、转移灶，现在想每个病人单独看看原发、转移的差异基因。怎么想到这个图的说到差异基因，火山图大家一定都画过，但是如果有多个亚群、多个病人，那么多张火山图又显得冗.

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