03.两组比较_差异基因数目展示

接下来两节会介绍两种比较新的图形,可能大多数做单细胞分析的小伙伴没有见过

今天讲的这种图形是用来展示差异基因数目的,比如你的单细胞数据同时包含对照组实验组,在做完前期的基础分析之后,得到了A B C D等共享的亚群,现在你想知道在A亚群中,实验组和对照组比较有哪些差异基因,差异基因数目是多少。

下面这种图就很适合用来展示差异基因数目:

这张图是这么看的:左侧图是Arep组相对于Brep高表达的基因,每一列是一个亚群,每一行是一个基因;基因又分为两个panel,下层panel是unique基因,即该基因只在一个亚群的Arep VS Brep比较中出现,上层panel是share的,即该基因至少在两个亚群的Arep VS Brep比较中出现。图中数字表示对应的基因数目。右侧图是Arep组相对于Brep组低表达的基因。

这张图整体比较简单,难点主要是横轴亚群纵轴基因的排序。我的代码中提供的排序规则是我自己的想法,排序方案并不唯一

图形改编自这篇文献:

  • A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging
  • https://doi.org/10.1016/j.devcel.2020.11.002

获取代码

这个系列都会采取限时公开的方式共享代码,24小时内是免费的。超过这个时间如何获取,公粽号后台回复2022A可知(可能需要你动动小手转发一下)。

代码是从count开始的,即使完全不懂单细胞,也能把图画出来,比较友好,希望对大家有用。代码和测试数据的网盘链接如下:

  • 链接:https://pan.baidu.com/s/114toYWT2MlpbJilLkgs_ZQ
  • 提取码:hx51
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