03.两组比较_差异基因数目展示

最新推荐文章于 2024-08-27 22:14:49 发布
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分类专栏： 绘图 单细胞 文章标签： 单细胞 ggplot2
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接下来两节会介绍两种比较新的图形，可能大多数做单细胞分析的小伙伴没有见过。

今天讲的这种图形是用来展示差异基因数目的，比如你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础分析之后，得到了A B C D等共享的亚群，现在你想知道在A亚群中，实验组和对照组比较有哪些差异基因，差异基因数目是多少。

下面这种图就很适合用来展示差异基因数目：

这张图是这么看的：左侧图是Arep组相对于Brep组高表达的基因，每一列是一个亚群，每一行是一个基因；基因又分为两个panel，下层panel是unique基因，即该基因只在一个亚群的Arep VS Brep比较中出现，上层panel是share的，即该基因至少在两个亚群的Arep VS Brep比较中出现。图中数字表示对应的基因数目。右侧图是Arep组相对于Brep组低表达的基因。

这张图整体比较简单，难点主要是横轴亚群、纵轴基因的排序。我的代码中提供的排序规则是我自己的想法，排序方案并不唯一。

图形改编自这篇文献：

最低0.47元/天 解锁文章
不同分组差异基因数目的上下柱状图显示
Mrrunsen的博客
01-21 739
有同学给我说了，这个图其实是有它的道理的，它其实显示的是，堆叠在一起的OM 与YM 的差异基因，各自有50多，合计对应Y 轴上的内容。
R语言ggplot2可视化：使用ggpubr包的ggmaplot函数可视化MA图（MA-plot）、top参数配置图中显示的头部基因标签的个数
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11-02 256
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04.两组比较_差异基因展示
TOP生物信息
05-05 2867
上一节介绍了两组比较中如何展示差异基因数目，这一节的内容更进了一步，我造了一种图，可以用来表示具体的差异基因。 想象一下你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础分析之后，得到了A B C D等共享的亚群，现在你想知道在A亚群中，实验组和对照组比较有哪些差异基因。 类似的场景也可以是你的数据有多个肿瘤患者，每个病人都有配对的原发灶、转移灶，现在想每个病人单独看看原发、转移的差异基因。 怎么想到这个图的 说到差异基因，火山图大家一定都画过，但是如果有多个亚群、多个病人，那么多张火山图又显得冗.
MAplot转录组差异基因表达展示
qq_42090739的博客
12-05 878
之前有小伙伴咨询一幅差异基因展示的图，我随口就说这类似于火山图，就是点图，ggplot就可以完成，不晓得他最后做出来没有。对了，之前Bulk RNA转录组系列关于DESeq2的帖子，封面图就是这样的。术语叫做MAplot，展示数据分布情况的可视化！ 最近在文献中看到这样的差异基因展示方式，所以复现一下。这里我们从counts矩阵的转录组差异分析开始做这个图，很简单，原理就是散点图，按照火山图的做法筛选差异基因即可。重试差异分析： 构建数据： 添加label： ggplot2作图： 效果和火
RNA 5. SCI 文章中差异基因表达之 MA 图
weixin_41368414的博客
02-21 5783
基于 RNA 数据的分析还有很多展示形成，我这里都会一次介绍，以及最后的 SCI 文章中的组图，完成所有分析流程，首先讲下 MA 图形的绘制流程，这里还是非常全面的，仅供参考！
【代码更新】01.marker展示_聚类和热图组合
TOP生物信息
05-30 577
之前写了4篇单细胞绘图的进阶代码，反响还不错，每篇都有三四五百人领取代码： 01.marker展示_聚类和热图组合 02.marker展示_堆叠小提琴图 03.两组比较_差异基因数目展示 04.两组比较_差异基因展示 有一两位读者跟我提了一些小建议（在此表示感谢），比如： 代码01加上基因名称（原来没有基因名，因为我设想用AI加会更方便） 代码02调整出图的方向（原来为了得到横向的图，需要在pdf阅读器中手动旋转90度） 这是代码01更新后的图，还是用的ggplot2及其拓展包打造，没有用pheatm
edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释
wangprince2017
02-26 1万+
请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 三者区别 三者区别 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：DESeq、TMM等 为什么要标准化？ 消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响 怎样标准化？ 找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化 3 根据模型检验求p value：泊松分布(poisson distribution)、负二项式分布(NB)等...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析
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06-10 7万+
差异分析的步骤： 1）比对； 2） read count计算； 3） read count的归一化； 4）差异表达分析； 背景知识： 1）比对： 普通比对： BWA， SOAP 开大GAP比对： Tophat（ Bowtie2）； 2） Read count(多重比对的问题）： 丢弃 平均分配 利用Unique region估计并重新分配 表达量计算的本质
单基因gsea_零代码5分+的单基因综合分析
weixin_39803207的博客
11-21 2339
小伙伴们好呀！今天和大家分享的是2020年一月份发表在Front Bioeng Biotechnol(IF：5.122)的一篇文章，作者在主要针对头颈癌，从表达量入手，对PGRMC1高低表达组中的差异基因近行GO，GSEA等分析，并与头颈癌患者的临床信息相联系，系统地研究了PGRMC1在癌症中作为原癌基因的作用，发现它影响头颈癌的代谢活性并有预后价值。标题：Identification ...
视频 | 这个工具可以一键在线差异基因分析，适用转录组等测序数据、芯片数据等！...
悟道西方
05-03 3407
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02-23 1万+
火山图也是 RNA 数据分析中 SCI 文章中出现频率最高的图形，那么我们该怎么绘制这样一幅高质量可发表的图形呢？这期就为大家细细道来！
差异基因数目的上下柱状图显示（使用R语言）
HackDashX的博客
08-26 754
在上述代码中，我们使用aes函数指定x轴为分组名称（Group），y轴为差异基因数目（DiffGenes），并使用fill参数根据差异基因数目的正负值来填充柱状图的颜色。然后，我们可以使用ggplot函数创建柱状图，并使用geom_col函数指定柱状图的类型。为了创建上下柱状图，我们可以使用负值表示下降的差异基因数目，并使用正值表示上升的差异基因数目。首先，我们需要准备数据。在上述示例中，我们有四个分组（Group A、Group B、Group C和Group D），并且每个分组都有相应的差异基因数目。
热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异
qq_42090739的博客
04-12 3257
近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。 首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM， BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这些基因的表达数据，我们需要的数据是ptc1和ptc2这两列，分别对应两个分组。最后将所有细胞差异基因中提取
科研绘图系列：R语言单细胞差异基因四分图（Quad plot）
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08-27 1192
科研绘图系列：R语言单细胞差异基因四分图（Quad plot）
RNA-seq——六、差异基因富集分析（画一个上下调基因分别富集的双Y轴柱状折线图）
Dzfly
09-12 5487
写在前面——书接上回，通过绘制差异基因火山图，能够看出上下调基因的分布情况。这次我们通过对差异基因的GO富集分析，可以看到涉及到的具体通路，更进一步的了解实验变化。本文使用的数据集为私有数据集，不过绘图并不难，弄懂原理之后，套用在自己的数据上即可。
R & ggplot2 & Excel绘图（直方图/经验分布图/QQ图/茎叶图/箱线图）实例
weixin_30734435的博客
03-22 2301
持续更新~ 散点图 条形图 文氏图 饼图 盒型图 频率直方图 热图 PCA图 3D图 火山图 分面图 分面制作小多组图 地图 练习数据： year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1....
差异表达基因热图怎么看_差异基因热图绘制：heatmap.2
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在RNA-seq数据分析中，差异表达基因分析是一项基本的技能，其中热图又是一种特别常见的用来展示差异表达基因分析结果的方式，今天分享一个非常好用的绘制热图的R函数：heatmap.2。该函数来自gplots包。安装install.packages("gplots")library(gplots)使用1. 读取数据# 毫无疑问，绘制热图需要一个数值矩阵作为输入#我准备好了一个基因表达数据...
差异表达基因富集结果可视化
qq_27390023的博客
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1. 导入差异表达基因 ### 1. 导入差异表达基因 # if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("ReactomePA") library(enrichplot) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(DOSE) library(ReactomePA) ..
基因表达模式聚类以及可视化
xxxxx
07-19 2万+
最近在使用RNA_seq数据做些分析，结果得到了大量差异表达以及共表达的基因，如何合理展示这些基因也是一件不简单的事情。除了常见的热图(heatmap)展现形式,今天在推荐另外一种展示方式(上图C)。需要R包TCseq或者Mfuzz。我这里给出的代码是基于TCseq。 输入文件就是一个基因表达量的矩阵，如下图。 代码也很简单,见下图，也请点击阅读原文查看代码。​ library(TCseq)
delta3 = (Hf_data5_2-Hf_data0)./Hf_data0; delta4 = (Hf_data5_3-Hf_data0)./Hf_data0;给这两组数据加上绝对值
06-13
如果你想要在MATLAB中给这两组数据加上绝对值，可以使用abs函数。以下是示例代码： ``` delta3 = abs((Hf_data5_2 - Hf_data0) ./ Hf_data0); delta4 = abs((Hf_data5_3 - Hf_data0) ./ Hf_data0); ``` 这将会对 delta3 和 delta4 中的所有数据计算绝对值。
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