如果我们在R里打命令fortunes::fortune(59),你将看到以下的输出:
Let’s not kid ourselves: the most widely used piece of software for statistics
is Excel.
— Brian D. Ripley (‘Statistical Methods Need Software: A View of Statistical Computing’)
Opening lecture RSS 2002, Plymouth (September 2002)
曾经有人问我,用R画热图怎么改颜色,我的回答是无能为力(没说怎么画,我怎么能够知道怎么改)。孔乙己老先生告诉我们回字有四样写法,而R画热图,岂止4种。基于base graphics有stats::heatmap, gplots::heatmap.2,以及多个包实现的heatmap.3。交互式的热图有heatmaply、d3heatmap和iheatmapr等包。
对于R代码无感的话,还有shinyheatmap,直接提供交互式的网页操作界面。
基于grid graphics比较有名的有pheatmap和ComplexHeatmap包,要论复杂性,ComplexHeatmap最厉害,要论简单而且也还比较漂亮,那就pheatmap了。而且基于grid,也是保障了后续的操作,而且现在整个grid的生态最好,各种辅助的包太强大。
比如我这样画一个热图:
d = data.