DESeq2实现基因表达差异分析

最新推荐文章于 2024-08-14 23:12:09 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： java jvm linux
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本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/131879464
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本文介绍了如何利用DESeq2包进行基因表达差异分析，以人类气道上皮细胞在激素处理前后的RNA-seq实验为例，详细阐述了从加载数据到创建DESeq2对象，再到执行DESeq函数进行分析，最终筛选显著差异基因和可视化结果的步骤。实际应用时，需根据数据预处理和需求调整分析参数。
摘要由CSDN通过智能技术生成

DESeq2包中有一个名为airway的内置数据集，它包含了一个RNA-seq实验的结果。实验中研究的是人类气道上皮细胞在气道平滑肌激素处理前后的转录反应。以下是如何使用这个数据集进行基因表达差异分析的步骤：

首先，我们需要安装并加载DESeq2和airway包：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")</
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