Seurat 与 Leiden 算法的无缝集成：对比 Louvain 效率测试

摘要：本文记录了在Win10系统在Rstudio平台中使用 reticulate 为 Seurat::FindClusters 链接Python 环境下的 Leidenalg 算法进行聚类的实现过程 ，并探讨了在Seurat和Scanpy流程框架下，Louvain和Leiden算法在处理10万细胞样本量的表达谱矩阵时的速度表现。结果表明，尽管Leiden算法声称具有比Louvain算法更快的计算速度（宣称的速度优势），但实际上在大型数据集的处理速度上，Louvain算法却表现出了明显的优势，领先Leiden算法几倍的时间。

1、在Win10 系统中通过Conda配置Python环境

Anaconda 是一个流行的Python和R编程环境管理器，用于数据科学和机器学习领域。它提供了一个方便的方式来安装、管理和更新Python和R的包和库，同时也包含了一个强大的包管理工具Conda。

• 第一步，下载并安装Annconda软件 Free Download | Anaconda

    \,\,\, conda channel 是存储conda 软件包的仓库，它可以让用户访问并安装各种不同的软件包。因此在按照上Conda之后，可以根据网络需求来进一步 配置conda channel(参考)；

• 第二步，集成 Anaconda Prompt 到Windows Terminal

    \,\,\, ① Anaconda Prompt 是 Anaconda 发行版中为 Windows 操作系统 提供的一个命令行界面工具，用户可以执行诸如创建、激活、删除 Python 虚拟环境、安装、更新 Python 包等一系列与 Python 开发相关的操作。
    \,\,\, ② Windows Terminal（Windows 终端）是微软推出的一个终端仿真程序，它提供了一个集成的环境，用户可以在其中同时访问 PowerShell、WSL等系列命令行工具。