MODOMICS:RNA 修饰途径数据库

MODOMICS是一个自2006年起维护的数据库,提供关于核糖核苷修饰的综合信息。最新版本增加了与人类疾病相关的RNA修饰目录,并与RCSB蛋白质数据库关联,提供了带有修饰残基的RNA结构序列。此外,MODOMICS还增强了其Web界面,新增了化学相似修饰残基的搜索功能。

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MODOMICS 数据库自 2006 年以来一直由手动管理,存储和分发有关修饰核糖核苷的综合信息。该数据库可访问地址 https://iimcb.genesilico.pl/modomics/

最初,它只包含关于修饰核糖核苷的化学结构、它们的生物合成途径、RNA 序列中修饰残基的位置以及 RNA 修饰酶的数据。多年来,随着新知识和新类型数据的积累,它已经更新了新的信息和功能。在这个新版本中,研究者创建了与人类疾病相关的 RNA 修饰目录,例如,由于编码修饰酶的基因突变。MODOMICS 已与 RCSB 蛋白质数据库相关联,并添加了经实验确定的带有修饰残基的 RNA 结构的序列。研究者重新设计了 Web 界面,此外,还新设一个化学相似修饰残基的搜索界面,可以通过 SMILES 代码或通过绘制化学分子进行查询。

图 RNA修饰紊乱与疾病之间的联系

总之,MODOMICS为用户提供了一种新且强的研究 RNA 修饰的工具。


参考文献

MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2021 update. Nucleic Acids Research, 2021.

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