MCycDB：环境微生物组甲烷循环数据库

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本文介绍了一项新的科研成果——MCycDB，这是一个针对微生物群落甲烷循环的详尽数据库，包含了298个基因家族、10条代谢途径和大量序列数据。对比分析显示MCycDB在甲烷循环研究中具有高准确性和全面性，适用于多种生态环境的研究，并在微生物驱动的甲烷循环过程中展现了其价值。

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1. 背景

甲烷是一种重要的温室气体，对环境和全球变化具有重大影响。然而，CH4 循环过程和与环境中其他元素（碳、氮、硫和金属）循环的耦合机制仍然难以捉摸。为了填补这些知识空白，我们构建了一个手动管理的甲烷循环数据库 (MCycDB)，用于全面准确地分析微生物群落中的甲烷循环。该数据库可访问地址：https://github.com/qichao1984/MCycDB

图 MCycDB建设的流程图

2.MCycDB 包含的数据

MCycDB 包含 298 个甲烷循环基因家族，涵盖10条甲烷代谢途径，具有 610208个代表性序列，以及来自 NCBI RefSeq 数据库的相关参考序列，其中细菌包括48个门和 2197 个属，古菌包括5个门和100个属。

表甲烷循环基因家族及其代表序列及其同源群

3.MCycDB的优点

对比MCycDB和其他4个同源数据库中甲烷循环基因的覆盖率和准确性，以热图的形式展现，发现利用宏基因组测序数据分析甲烷循环，MCycDB具有较高的准确性和全面性。

图 MCycDB与其他同源数据库比较热图

4.MCycDB在微生物群落甲烷循环中的应用

MCycDB应用于海洋沉积物、温泉沉积物、多年冻土、淡水和泥炭地环境中甲烷循环基因家族和分类群的研究。在这些环境中共检测出272个甲烷循环基因家族，在所有环境中都发现了甲烷生成和甲烷氧化的关键基因家族。通过主坐标分析(PCoA)和ANOSIM分析表明，在这五种生境中，参与甲烷循环的功能基因具有显著差异(p≤0.05)，表明MCycDB 是研究微生物驱动的甲烷循环过程的有用工具，具有高特异性、覆盖率和准确性。

参考文献：

MCycDB: A curated database for comprehensively profiling methane cycling processes of environmental microbiomes

DOI: 10.1111/1755-0998.13589