新鲜出炉的羊羊瘤胃单细胞图谱来啦~

反刍动物是超过200种特殊的陆生植食性动物的统称，绵羊和山羊是最常见的陆生植食性反刍动物，其重要特征包括具有典型的多室胃，瘤胃是反刍动物的第一胃，在酮体代谢、微生物群落调节和上皮吸收等方面具有丰富的功能特点。随着动物的生长发育，瘤胃的结构和功能经历了巨大变化，目前研究主要集中在瘤胃微生物与宿主的相互作用上，然而对瘤胃的发育、细胞组成及遗传分化、反刍功能的遗传基础等仍不清楚，迄今未构建完整的瘤胃单细胞发育图谱。

10月26日，国际期刊《Genome Research》在线发表了利用单细胞转录组和宏基因组揭示反刍动物瘤胃功能和发育模式的的研究论文，文章结合单细胞转录组和宏基因组技术，对反刍动物瘤胃反刍功能的遗传和细胞学基础进行解析。

研究方法

以绵羊和山羊为主要研究对象，利用单细胞转录组测序技术构建了6个发育关键阶段（胚胎期早期、中期和晚期，出生后非反刍、过渡和反刍期）的瘤胃单细胞图谱，以及细胞-微生物体外共培养实验验证了微生物在调节瘤胃细胞功能的重要作用。

瘤胃单细胞图谱构建

研究结果

1.瘤胃组织的单细胞转录图谱

       对于绵羊和山羊的胚胎和产后样本，研究分别从不同发育时间点开展下游分析，根据绵羊和山羊的基因表达概况分别确定了30种和31种主要细胞类型和亚型。研究发现大多数集群由不同发育阶段的细胞组成，不同阶段的主要细胞分布不同。胚胎和非反刍阶段的细胞与过渡和反刍阶段的细胞明显分离。

       绵羊和山羊瘤胃在胚胎早期、胚胎中期、反刍期各采样点具有相似表达模式；相邻发育阶段差异表达基因几乎不共享，表明各阶段瘤胃功能的独特性。

       这些发现表明，瘤胃细胞具有高度基因组异质性，瘤胃形态在发育阶段发生了动态进展。研究还确定了一组新的标记基因，以定义瘤胃发育不同阶段的这些不同细胞类型，包括主要在上皮细胞和纤维中表达的细胞类型。

图1. 绵羊和山羊瘤胃单细胞转录组图谱

2. 山羊和绵羊的基因表达模式

       研究对不同发育阶段的DEGs进行分析，评估了相邻发育时间段山羊和绵羊的差异DEGs，并进行GO富集分析。找到了绵羊和山羊间上皮、成纤维和神经等细胞类型在6个阶段的保守基因。在不同发育阶段也有物种特异性表达的基因，例如两物种上皮细胞（PBCs、BCs、SCs和GCs）、纤维细胞和神经细胞（Neu和NECs）在六个阶段中的DEG数量都表现出显著差异。

       说明常见基因在不同发育阶段不同细胞类型中会出现不同的表达，可能有助于我们了解瘤胃动物发育期间不同细胞类型的基因表达模式。

图2. 绵羊和山羊瘤胃细胞图谱中基于scRNAseq的基因表达

3.转录调节网络分析

       为了更好地了解驱动不同细胞类型发育的潜在分子机制，预测了在瘤胃发育期间调节目标DEG的核心转录因子（TF）。研究鉴定到特定阶段共享转录因子，部分转录因子在相同阶段不同细胞类型中起作用，然而部分转录因子在相同细胞类型的不同发育阶段活跃；细胞通讯分析结果表明，绵羊和山羊细胞通讯变化在过渡期前相似，但进入反刍期后出现明显差异。

图3. 瘤胃发育过程中核心调节转录因子（TF）的变化

4.微生物群落变化模式

       结合宏基因组测序技术，对绵羊和山羊瘤胃不同发育阶段的微生物群落进行统计和比较，发现绵羊和山羊各发育阶段瘤胃微生物的组成以及与宿主之间的互作具有相似性。胚胎期早期的瘤胃微生物群落主要由好氧菌组成，主要与发育、免疫相关的DEGs呈强正相关；进入过渡期和反刍期后，以厌氧菌为主，主要与富集到能量代谢、细胞迁移、免疫和脂肪酸代谢等生物学过程的DEGs呈负相关。

       研究发现稳定存在瘤胃各发育阶段或相对出现更晚的细胞类型与异普雷沃氏菌属、拟杆菌属、丁酸弧菌属、梭状芽胞杆菌、曼海姆氏菌属、普雷沃氏菌属和琥珀酸弧菌属这7个细菌属呈强正相关，并且与瘤胃微生物中生物合成和代谢相关的KEGG通路呈强正相关。

       利用细胞-微生物体外共培养实验验证了瘤胃微生物普雷沃氏菌属和宿主上皮和成纤维细胞之间的潜在串扰及其在调节关键瘤胃细胞类型中关键基因表达的重要作用。

图4. 瘤胃微生物群与绵羊和山羊单细胞转录组测序的相关性

总 结

       研究结合了全面的scRNA转录组学和宏基因组学，揭示了反刍动物瘤胃反刍功能的遗传和细胞学基础，解析了不同发育阶段绵羊和山羊瘤胃细胞功能及基因表达谱的转变，为研究反刍动物瘤胃细胞异质性和各阶段基因趋同表达机制，关键细胞类型及其与微生物的互作机制提供了科学理论依据。

图5.瘤胃不同发育阶段的功能遗传基础模式图

参考文献

Single-cell transcriptome and metagenome profiling reveals the genetic basis of rumen functions and convergent developmental patterns in ruminants. Genome Research, 2023