智慧之旅不止步！凌恩生物6月客户文章累计IF＞531！

2024年6月，凌恩生物助力客户发表文章75篇，累计影响因子531.8分，其中包括Nature Microbiology、Nature Communications、Microbiome、Chemical Engineering Journal、Journal of Hazardous Materials、Water Research等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向，其中多组学研究20篇，微生物方向29篇，基因组方向10篇，转录组方向13篇，代谢组方向7篇，蛋白组方向2篇，荧光定量方向3篇、表观组方向1篇，微生物单细胞转录组方向1篇，云平台方向6篇。

第1篇

微生物单细胞转录组学揭示了瘤胃微生物组的功能异质性

英文题目：Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome

发表期刊：Nature Microbiology

影响因子：20.5

作者单位：浙江大学

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组binning+微生物单细胞转录组

主要研究内容：

研究复杂群落中个体微生物的活动仍然是一个挑战。文章用微生物单细胞转录组测序和宏基因组binning分析了瘤胃微生物组的功能异质性。研究利用下载的反刍动物宏基因组公共数据构建了一个瘤胃微生物基因组图谱，作为瘤胃微生物组单细胞转录组的功能参考基因组。该图谱包括174,531个微生物和2,534个物种，其中172个是核心物种，分为12个功能簇。研究检测了微生物单细菌水平的功能作用，包括 Basfa succiniciproducens在瘤胃微生物组碳水化合物代谢中的关键作用。此外，文章还探索了功能异质性，并揭示了Basfa succiniciproducen由生物膜形成途径基因驱动的代谢生态位轨迹。研究结果为瘤胃微生物组研究提供了资源。

第2篇

通过微生物组建模工程改造天然微生物组以增强生物修复能力

英文题目：

Engineering natural microbiomes toward enhanced bioremediation by microbiome modeling

发表期刊：Nature Communications

影响因子：16.6

作者单位：南京农业大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子+非靶向代谢组+宏基因组+细菌扫描图+原核转录组

主要研究内容：

微生物组内的代谢相互作用在很大程度上是未知的。本研究基于工程天然微生物组构建了功能增强的合成微生物组。研究表明，除草剂和除草剂降解剂接种的应用导致不同的自然微生物群向功能微生物群趋同（例如，增强了被除草剂所污染土壤的治理）。研究开发了一个代谢建模管道（SuperCC：Super Community Combinations），它可以用于记录微生物组内的代谢相互作用，并模拟不同微生物组的性能。利用SuperCC，文章基于从自然微生物组中鉴定出的18个关键物种，构建了生物修复增强的合成微生物组。研究结果强调了代谢相互作用在塑造微生物组功能中的重要性，并为工程自然微生物组提供了实用指导。

第3篇

浮游植物源多糖和微生物肽聚糖是马里亚纳海沟深海微生物的关键营养物质

英文题目：

Phytoplankton-derived polysaccharides and microbial peptidoglycans are key nutrients for deep-sea microbes in the Mariana Trench

发表期刊：Microbiome

影响因子：13.8

作者单位：中国海洋大学

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组+宏转录组

主要研究内容：

深海作为最大的海洋生态系统，推动着全球规模的生物地球化学循环。深海生物群的主要食物来源是颗粒状有机聚合物。有机质循环中一个关键的限制步骤是由细胞外酶（EEs）促进的颗粒状有机聚合物的解聚。因此，研究活性EEs及起诱导作用的微生物是更好地了解深海微生物的关键营养来源的首要任务。研究对来自马里亚纳海沟50-9305m处的海水样本进行了细胞外酶活性（EEAs）、宏基因组学和宏转录组学分析。结果表明，在4700m和9305m中，积极参与生物聚合物加工的EEs基因的微生物种群主要与Actinobacteria纲相关。这些微生物转录编码角质酶、漆酶和木葡聚糖酶的基因，这些酶能够降解浮游植物多糖，以及能够分解肽聚糖的GH23肽聚糖裂解酶和M23肽酶。因此，在深海中可以检测到相应的酶活性，包括甘辅酶、酯酶和肽酶。此外，与4700m相比，细胞特异性酶在9305m处增加，表明胞外酶在马里亚纳海沟深层的营养循环中发挥了更重要的作用。研究揭示了马里亚纳海沟深海环境中复杂的浮游植物多糖（如角质素、木质素和半纤维素）和微生物肽聚糖是深海微生物的主要营养来源。

第4篇

通过亚硝酸盐氧化还原酶的热失活，在低温条件下从完全硝化作用快速过渡到部分硝化-厌氧氨氧化作用

英文题目：

Rapid transition from complete nitrification to partial nitrification-anammox at low temperatures via thermal inactivation of nitrite oxidoreductase

发表期刊：Chemical Engineering Journal

影响因子：13.3

作者单位：西安建筑科技大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子

主要研究内容：

低温下稳定高效的生物脱氮一直是部分硝化-厌氧氨氧化（PN/A）工艺的工程应用的巨大挑战。在本研究中，一个在15±1℃下运行完整的硝化系统被快速切换到PN/A模式，并通过对增稠污泥和厌氧氨氧化生物膜的热处理稳定运行。此外，活性污泥在35℃处理2天后的氨吸收率（AUR）和亚硝酸盐吸收率（NUR）分别下降了22.88%和96.10%。同样，厌氧氨氧化生物膜的厌氧氨氧化活性（ram）没有显著变化，但在40℃处理2天后，NUR显著降低了52.7%。长期耦合实验表明，在15℃条件下，通过氨单加氧酶（AMO）和亚硝酸盐氧化还原酶（NOR）的选择性失活，总N去除率（TNRR）为87.91±1.53%。然而，通过厌氧氨氧化生物膜的联氨合酶（HDH）和NOR在40℃下选择性灭活2天，降低的TNRR可迅速恢复到96.42%。关键酶活性和细菌二代扩增子测序结果表明，增稠污泥和厌氧氨氧化生物膜经过热处理后，NOR活性显著降低，但群落结构没有显著变化。因此，在低温下，PN/A体系的快速转变是通过选择性灭活NOR和AMO/HDH之间的酶来实现的。

第5篇

蚯蚓通过改变活性污泥中的真菌群落来促进植物生物刺激素的产生

英文题目：

Vermicomposting preferably alters fungal communities in wasted activated sludge and promotes the production of plant growth-promoting biostimulants in the vermicompost

发表期刊：Chemical Engineering Journal

影响因子：13.3

作者单位：中国地质大学

涉及的凌恩生物服务产品：三代16s扩增子+宏转录组+非靶向代谢组

主要研究内容：

阻废弃活性污泥（WAS）是污水处理厂的主要副产品。整合蚯蚓堆肥并重建微生物群落来实现WAS的稳定，随着植物激素和腐殖质（HS）的加入逐渐形成成熟堆肥。然而，蚯蚓堆肥如何改变污泥微生物群落，将污泥衍生的有机物转化为各种植物生物刺激素，并促进激素-HS相互作用的机制仍不清楚。本研究利用多组学方法来重建微生物如何将污泥衍生的有机物转化为植物生物刺激素。结果表明，蚯蚓选择性地改变了污泥基质中的真菌群落，促进了 Mucoromycota、Ascomycota和 Cryptomycota菌门的生长。重建的真菌群落主导了含氮有机物的转化，加速了蛋白质的降解速率和植物生物刺激素的生产速率，包括腐殖质物质（HS，特别是黄腐酸）、氨酰乙酸（IAA）、茉莉酸（JA）和水杨酸（SA）。柠檬酸循环产生的不饱和脂肪酸通过β氧化产生JA，而苯丙氨酸通过脱氨酶辅酶和苯丙氨酸-4-羟化酶促进SA的产生。研究表明蚯蚓促进了植物根系的伸长，加深了对污泥可持续管理的认识。

第6篇

表面活性剂与CeO2/Fe2O3纳米颗粒共存对半连续污泥发酵过程中挥发性脂肪酸生物合成的时间依赖性干扰

英文题目：

Time-dependent interference of surfactants and CeO2/Fe2O3

nanoparticles co-occurrence on the volatile fatty acids biosynthesis during semi-continuous sludge fermentation

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：12.2

作者单位：安徽工业大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子

主要研究内容：

各种外源污染物通常共存于废弃活性污泥（WAS）中，这些污染物对WAS厌氧发酵及其相关机制的长期影响尚不完全清楚。研究发现，表面活性剂和纳米颗粒(NPs)对挥发性脂肪酸（VFAs）的生物合成有时间依赖性的影响。表面活性剂会引发WAS分解并增强NPs的分散，导致功能性厌氧菌更容易受到NPs的毒性刺激从而对其产生负面影响。因此，与早期（56d前）仅含表面活性剂的反应器相比，共现反应器的关键发酵过程、功能细菌丰度和代谢功能受到抑制。含有表面活性剂的发酵体系随后崩溃，在72d时的VFAs产量比56d下降了48.59–71.27%。对关键微生物进行了重塑，由于微生物适应能力（即群体感应QS）降低，所以代谢特征下调。PLS-PM分析表明，微生物群落是影响VFAs生成的主要因素。这项研究为共同污染物的长期影响提供了新的见解。

第7篇

喀斯特地区不同地下水中的固碳细菌的生态相互作用及驱动因素

英文题目：

Carbon-fixing bacteria in diverse groundwaters of karst area: Distribution patterns, ecological interactions, and driving factors

发表期刊：Water Research

影响因子：11.4

作者单位：河海大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子+功能基因扩增子

主要研究内容：

岩溶地区的生物碳泵对保持岩溶碳汇的有效性具有重要意义。然而，岩溶地区不同含水层中微生物的空间分布和固碳潜力尚不清楚。本研究通过二代扩增子分析了中国西南典型岩溶流域内岩溶地下水（KW）、孔隙地下水（PW）、裂隙地下水（FW）和地表水（SW）的微生物特征及其与环境的互作关系。结果表明，KW、PW和FW显示相似的群落结构和指示固定碳细菌组成，KW和PW具有更高的微生物固碳潜力。共现网络分析表明，固碳细菌在KW中与其他细菌类群表现出协同作用。对环境因素和微生物多样性的分析表明，无机碳和氧化还原状态驱动了地下水群落的变化。结构方程模型（SEM）进一步证实了氧化还原电位（ORP）是影响固碳电位的主要因素。本研究为岩溶水生系统的生物碳固定提供了新的视角，对准确评价岩溶碳汇具有重要意义。

第8篇

污泥厌氧发酵过程中溶解有机物变化与微生物共生网络的相互作用

英文题目：

Untangling the interplay of dissolved organic matters variation with microbial symbiotic network in sludge anaerobic fermentation triggered by various pretreatments

发表期刊：Water Research

影响因子：11.4

作者单位：河海大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子

主要研究内容：

通常采用各种预处理来促进废弃活性污泥（WAS）中释放溶解性有机物（DOM），以促进高价值挥发性脂肪酸（VFAs），而DOM动态转化对微生物种群和代谢功能的相互作用影响尚不清楚。本研究构建了“DOM-微生物-代谢-VFAs”共生生态网络，揭示了在发酵过程中DOM动态变化如何与细菌群落网络、组装过程和微生物性状的相互作用。不同的预处理改变了DOM的分布，增加了容易生物降解的化合物和类蛋白质物质的释放。这种变化极大地提高了底物的生物降解性，上调了微生物的代谢能力。同样，微生物活性的改变提高了物质代谢水平，加速了高活性化合物转化为VFAs的过程，导致VFAs的生成增加1.6-4.2倍。蛋白质类DOM与DOM-细菌关联的拓扑特性之间存在很强的相关性，这表明高DOM可用性导致了更复杂的生态网络。DOM成分的变化影响了群落聚集方式的变化，生态网络进一步揭示了水解酸细菌和可生物降解DOM之间的代谢协同作用，导致更高的VFAs生成。本研究为WAS厌氧发酵过程中高效VFAs生物合成与微生物特性之间的内在联系提供了更深入的认识，为有效的WAS预处理策略提供了有价值的见解。

第9篇

通过多组学分析揭示未培养厌氧氨氧化菌群落细菌的生物合成潜力

英文题目：

Biosynthetic potential of uncultured anammox community bacteria revealed through multi-omics analysis

发表期刊：Bioresource Technology

影响因子：9.7

作者单位：重庆大学

涉及的凌恩生物服务产品：HiFi宏基因组+宏蛋白组

主要研究内容：

微生物次生代谢物（SMs）及其衍生物已广泛应用于医药、农业和能源领域。对可再生能源日益增长的需求，以及抗生素耐药性、癌症和杀虫剂带来的挑战，强调了寻找新的SMs的关键。厌氧氨氧化系统含有许多未培养或未充分开发的细菌，代表了发现新的SMs的潜在资源。而微生物SMs是由其BGCs合成的。所以研究利用HiFi宏基因组测序进行分析，结果表明，从厌氧氨氧化微生物组中发现了1040个生物合成基因簇（BGCs），其中58%为完整的，显示出丰富的多样性。未开发的细菌门（Chloroflexota 和 Planctomycetota）和Proteobacteria含有大量的BGCs，显示出巨大的生物合成潜力。宏蛋白质组学结果表明，Planctomycetota菌门含有最活跃的BGCs，特别是那些参与生产潜在生物燃料—梯烷的BGCs。综上，研究结果强调了厌氧氨氧化微生物群可以作为挖掘新的BGCs和发现SMs的宝贵资源。

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