IF 17.1| 爱竹人士一眼就心动的数据库！

竹子具有重要的经济和生态重要性，并为国际贸易做出贡献。BambooGDB是现有的竹基因组学资源，提供了基于毛竹个体参考基因组草图的信息。然而，我们需要的是一种资源来加强竹科多基因组组装，使研究人员能够通过分支特异性比较基因组研究来揭示染色体和基因的进化史。

2024年1月，Molecular Plant期刊在线发表了一篇竹类组学和系统学分析的数据库——BambooBase，包含了目前已确认的135个竹属的18个基因组、476个转录组、16个表观基因组和分类资源。该数据库可访问地址：https://bamboo.genobank.org/

该数据库提供了22个基于亚基因组尺度序列相似性和共线性的同源群的有价值信息。同时，多样的多功能分析工具已被纳入，以帮助用户执行各种比较、演化和功能分析。除了基因组资源外，BambooBase还作为竹系统发育组II（BPG II）的综合知识中心，提供竹科135个属的全面和综合信息。

图1 BambooBase数据库主页面

该数据库提供系统发育进化、BLAST、同源基因查询和基因序列获取，基因甲基化水平、GO、KEGG功能富集分析等功能模块，包括后续实验需要的PCR引物设计功能，此外，BambooBase还提供了“GeneCard”页面，显示有关单个基因的全面信息，以及与其他模块和外部数据库的便捷链接，所有这些都在一个页面上，方便各用户进行分析和查看。

BPG II模块中除了提供竹科135个属的信息，包括拉丁名称、模式物种、形态描述、分布、系统发育等基础信息以外，还可以提供相关研究文章、照片、每个属中涵盖的物种以及其他相关信息，较大程度的满足用户科研写作的相关需求。

图2 BambooBase的原理设计和在线展示

凌恩-盈飞团队，致力于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究、分子育种及人类健康领域的应用，旨在为生命科学领域客户提供领先的数据管理和分析解决方案。公司拥有多项自主专利技术和软件著作权，成功开发VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、R J肿瘤信息管理系统（临床应用）、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台（法医应用）、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库（水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等）、TMBQ靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。客户群体包括高等院校、科研院所、三甲医院及疾控中心，药企及基因检测公司等。

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参考文献

BambooBase: A comprehensive database of bamboo omics and systematics.Molecular Plant, 2024.