如何构建模式生物微生物数据库

蚊子作为模式动物，其携带的微生物在多种致命疾病的传播中扮演着重要角色，长期以来一直是科学研究的重点。2024年发表于《PLOS BIOLOGY》的一项研究通过大规模样本采集和处理，结合生物信息学分析，建立了全球首个大规模蚊子微生物菌株和基因组数据资源库——MosAIC。该数据库包含392个细菌菌株，涵盖142个物种。

01.实验设计——MosAIC

样本采集：对不同来源的蚊虫（实验室饲养、野外捕获、蚊子幼虫栖息地、非蚊虫双翅目昆虫）携带的微生物进行菌株分离培养和测序。

02.数据库亮点——MosAIC

1.广泛的样本来源

MosAIC 涵盖了 392 个细菌分离株，其来源广泛多样。169 个菌株来源于实验室饲养的蚊子，126 个菌株来自野外捕获的蚊子，83 个菌株分离自蚊子幼虫栖息地，14 个菌株取自非蚊子双翅目昆虫及其相关环境。

图1 MosAIC 中细菌分离株的来源

2.高质量的基因组数据和精准的物种分类

微生物基因组完整性达99.67%，污染率仅0.59%，平均覆盖度超 10×。利用 GTDB 对分离株分类鉴定，367个被明确到种，部分可能为新物种。这些分离株涵盖5个细菌纲、29 个细菌科，其中肠杆菌科占比达 40%。通过聚类确定了 142 个单物种代表，为蚊虫微生物组物种组成和多样性研究提供重要依据。

图2 系统发育树及基因组组装质量评估

3.潜在的致病因子筛选

通过VFDB筛选，共发现11,774个毒力因子基因，分布于不同细菌类群和家族，功能多样，涉及黏附、抗菌活性、生物膜形成等。这一成果有助于深入理解蚊虫相关细菌致病机制，为疾病防控提供潜在靶点。

图3 毒力因子分布热图

4.深入的系统发育分析

MosAIC 资源库为蚊虫相关细菌的系统发育研究提供了丰富的数据。将 MosAIC 分离株与先前测序菌株对比，发现蚊虫相关分离株在各属中形成独特聚类。如肠杆菌属中，多数与阿氏肠杆菌和罗根坎普肠杆菌聚在一起，且不同来源分离株形成多个谱系，表明与蚊虫宿主环境有关。

图4 肠杆菌基因组发育树

03.总结——MosAIC

MosAIC标志着一个重要里程碑，成为首个大规模的物理分离株和与蚊子微生物组相关的高质量基因组数据的数据库。利用这一资源，我们开始通过观察具有保守基因的蚊子相关细菌谱系簇，理解蚊子相关细菌的适应性特征。值得注意的是，研究发现En. asburiae的蚊子相关谱系之间存在共享基因，这表明蚊子关联驱动的进化趋同。为了进一步深入了解这一动态系统中细菌的定植，研究强调探讨这些细菌中毒力因子的作用；深入探究这些基因的功能特性以及表达机制，有助于我们全面解析它们在蚊子生长发育过程中的作用，以及细菌从营自由生活，转变为与蚊子建立紧密联系的共生或寄生关系这一水平传播过程中所具有的关键意义。最后，作者旨在通过从野外来源和疾病流行源进行更系统的采样，以及平行的宏基因组测序工作来扩展该数据库。这将使研究人员能够在基于种群的观察基础上，纳入统计推断并探索群落功能。解决这些问题将使研究人员更进一步开发新型基于微生物的蚊虫防控工具，从而对公共健康和媒介控制工作产生积极影响。

参考文献

MosAIC: An annotated collection of mosquitoassociated bacteria with high-quality genome assemblies.PLOS BLOLOGY,2024.