质粒已被全面解析

随着微生物研究的不断深入和耐药性问题的日益加剧，了解质粒对开发抗菌策略及生物技术应用意义重大。但现有质粒数据库缺乏细致注释并且工具存在不足。近期，香港城市大学李帅成课题组在Nucleic Acids Research期刊发表研究成果，推出全面注释质粒数据库-PlasmidScope。该数据库整合多源质粒序列，提供丰富注释，还有自动化在线分析和可视化功能，助力科研人员深入研究质粒。

数据库访问网址：https://plasmid.deepomics.org/

1、海量数据整合

收录了来自10个公共资源库的数据集，整理得到852,600个质粒，涵盖单一微生物分离和宏基因组、宏转录组数据来源。总结6种质粒特征，注释6种遗传特征，对25,231,059个预测基因进行9大数据库功能注释，用ESMFold预测蛋白质结构，且支持在线查看和下载，建立了全面的质粒资源库。

图 PlasmidScope数据库概览

2、在线分析功能

共涵盖 6 大分析内容，分为质粒注释（ORF预测和蛋白质注释、tRNA和tmRNA预测、ARG和VF预测、跨膜蛋白预测）和质粒比较（序列比对、比较分析）两大分析模块，用户可按需分析并下载结果。

图 PlasmidScope 分析流程

3、在线分析工具

包含数据库可视化和分析结果可视化，提供交互式可视化界面，方便用户的使用。

图 PlasmidScope 可视化界面

参考文献

PlasmidScope: a comprehensive plasmid database with rich annotations and online analytical tools.Nucleic Acids Research,2024.

文章链接

https://doi.org/10.1093/nar/gkae930