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RSS订阅原创 粪便eDNA，如何成为定位精准营养的“黑科技”？
FoodSeq 作为一种基于粪便eDNA宏条形码技术的饮食评估方法，能够客观、准确地识别人类摄入的植物和动物食物种类，克服了传统自我报告方法的局限性，具有跨文化、跨年龄、非侵入性、经济高效等优势，并在多个研究中验证了其在评估饮食多样性、监测干预依从性及探索饮食与健康关系方面的潜力，未来有望在营养流行病学、临床监测和大规模人群研究中发挥重要作用。然而，传统的饮食评估方法依赖受试者的自我报告，存在记忆偏差、社会期望偏差、文化差异、认知负担等局限，严重影响数据的准确性和可比性。发表时间：2025.6。
2026-01-13 10:18:09
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原创 单细胞转录组+X：多组学发文思路
然而，随着动脉粥样硬化的进展，IRG1的表达减少，这表明其与疾病分期存在时间相关性。然而，传统的单细胞测序难以解析基因如何表达、在何处表达等深层次的问题，而以单细胞转录组为中心的多组学研究，就可以更好的理解基因表达变化与生物体自身状态的关联性，成为解析生命体微观世界的有力工具。这项研究首次实现了全基因组覆盖的小鼠全脑单细胞空间转录组图谱的构建，为脑科学研究提供了一个高精度的分子参考框架,不仅有助于深入解析大脑的结构和功能，还为研究脑相关疾病的发病机制和寻找潜在的治疗靶点提供了丰富的资源和新的思路。
2026-01-12 12:20:59
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原创 2025年度热点客户文章|叶绿体基因组研究的 “万能套路”
叶绿体，作为植物细胞中负责光合作用的关键细胞器，其基因组因其结构稳定、母系遗传、易于获取等特点，已成为植物系统进化、物种鉴定和遗传工程研究中的重要工具。
2026-01-07 10:35:02
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原创 2026，四大生态位分析助力科研一马当先！
PA生境（养殖区塑料浮子上采集的生物膜样本）的环境宽度显著低于MW和CW生境（养殖区表层水体样本），这表明塑料表面本身就是一个资源利用策略非常狭窄的生境，该生境中微生物所能适应的环境条件范围更窄，专一性更强。关于生态位，相信很多宏观生态学研究的人对这个词不会陌生，生态位体现了生物体的基本属性，反映其在空间与时间维度上对资源利用与环境耐受性的广度。环境异质性（EnvAdpot）分析，包括系统发育信号和环境宽度分析，系统发育信号越强，表明物种环境适用性越高，环境宽度反映了物种对环境的适应能力和资源利用的广度。
2026-01-06 11:39:57
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原创 宏基因组Unclassified太多？那你有可能获得一篇Nature子刊！
此外，下载胰腺导管腺癌（PDAC）和结直肠癌（CRC）患者的唾液宏基因组数据，CRC组Inocle-α丰度显著低于健康对照组（图6E），与未经preNuc处理的样本相比，preNuc处理使得微生物总碱基数增加了两倍（图1C），且未缩短读长（图1D）。此外，在物种水平上，经preNuc处理与未经处理的唾液样本之间细菌组成的斯皮尔曼相关系数平均为0.83 ± 0.08（图1E）Inocle-α的主要在舌背，Inocle-β和Inocle-δ主要在颊黏膜，而Inocle-γ的主要在牙龈检出（图3E），这表明。
2026-01-05 15:01:57
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原创 扩增子系列差异物种分析——还在用LEfSe？高阶玩家早升级了！
先对原始读取计数进行删失归一化，将零值转换为删失表示，再进行文库大小归一化和负对数转换，把零膨胀的微生物组读取计数转换为类似生存时间数据，利用 log-rank 检验（无协变量时的差异丰度分析）和 Cox 比例风险模型（有协变量时的差异丰度分析）来检测不同条件下微生物分类群的丰度差异，旨在检测到其他方法未识别的微生物差异.然而，高阶玩家早就默默升级啦！微生物多样性的差异分析是一种用于比较不同样本中微生物组成和丰度的统计方法，以揭示它们之间的差异，探讨微生物多样性差异的生态学意义和潜在的影响。
2025-12-31 11:47:51
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原创 扩增子还在做差异分析？群落解耦开启微生态研究新时代
NRI：净谱系亲缘关系指数（Net relatedness index，NRI）是根据群落内出现的物种之间的系统发育平均距离，再通过零模型生成群落的物种之间的系统发育平均距离标准化之后计算出来的生态学指数，可用来研究群落的物种共存机制。作为群落组装理论的核心框架之一，基于物种功能等效性假设，提出群落动态主要由随机性生态漂变和扩散限制主导，其理论价值在于为缺乏显著环境选择压力或强环境梯度的生态系统中观察到的物种多度分布格局提供了基于随机过程的数学解释。，那么生态系统要维持多种功能就需要有不同的物种组合。
2025-12-29 11:49:49
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原创 转录组除了差异基因富集，还能如何挖掘同源基因？
在四个Cadenza诱变品系中鉴定出多个在基因内位置不同的PTC突变基因（图1d,e），检测了诱变品系中TraesCS5A02G119300、TraesCS6A02G155200及其同源基因（带有位于编码区早期和晚期的PTC突变）相对于WT的相对表达量，均无显著影响。近期，植物领域top团队英国约翰英纳斯中心的Philippa Borrill团发表在《New Phytologis》的文章，通过对六倍体和四倍体小麦的大量突变体进行转录组学分析，系统性地评估了同源基因间的转录补偿现象。
2025-12-25 11:29:07
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原创 选择or扩散？群落构建应该如何研究？
群落构建是生态学中研究物种如何在特定环境中组合形成群落的过程，其核心机制包括选择（Selection） 和 扩散（Dispersion）。
2025-12-11 10:13:46
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原创 解离or抽核，单细胞测序到底怎么选？
随着测序的不断发展，单细胞转录组测序（Single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）以其前所未有的分辨率在一众技术中脱颖而出，正深刻变革着我们对生命复杂性的认知。
2025-12-09 11:00:55
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原创 轻松拿捏顶刊：看T2T基因组如何破译人间美味大黄鱼的环境适应性密码
中国沿海大黄鱼可分为三大种群：闽粤东（MYD）、岱衢（DQ）和瑙州（NZ）。近期发表在《Advanced Science》上的文章，通过整合 PacBio HiFi、超长牛津纳米孔（ONT）和Hi-C 三大测序技术，首次成功构建了闽粤东群（MYD）和岱衢群（DQ）大黄鱼的两个端粒到端粒（T2T）无缺口基因组。对两个种群T2T基因组的深入研究发现：两个种群所有染色体两端存在“TTAGGG/CCCTAA”的重复序列，着丝粒由42 bp的Cen-42和168 bp的Cen-168构成复杂的高阶重复结构。
2025-12-08 10:47:40
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原创 如何解决eDNA采样难题？凌恩生物重磅推出一站式服务
凌恩 生物与武汉水生所联合，共同推出环境DNA（eDNA）一站式解决方案，旨在助力科研人员高效且精准地开展生态监测工作，从容应对各种复杂环境的采样挑战。凌恩所采用的旗舰设备——便携式环境DNA采集仪，是一款专门针对野外实际应用场景研发的智能化采样设备，可有效提升采样效率与数据可靠性。5. 专用自干燥过滤器：无需添加乙醇或冷冻保存，可自动脱水干燥处理，室温条件DNA可保存一个月，极大地简化流程并降低污染风险。3. 智能监控系统：可实时显示流速、水温、电导率等参数，支持定量采样，操作精准且便捷。
2025-12-05 10:16:41
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原创 凌恩生物HiC Meta强势回归！高深度解析复杂微生物群落/基因互作关系！
Hi-C Meta测序分析是一种融合Hi-C技术与宏基因组测序的方法。
2025-12-03 20:10:16
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原创 单细胞转录组测序，哪个才是你的菜？！
单细胞（核）转录组：采用分子标签（barcode）的单细胞识别、利用液滴微流控技术，在液滴生成时稳定实现细胞分离，可获得微球、试剂、细胞的共包裹体，达到较高的细胞捕获率，从而获得每个细胞的表达谱信息。* 人肠道单细菌转录组测序： 针对微生物物种组成复杂的粪便样本，检测不同微生物单菌株的表达谱特征，可用于肠道微生物组的功能及表型异质性研究，有助于提升肠道微生物组分析的精准度、深入细菌间及细菌与宿主间的互作研究，并可进行细菌-噬菌体精准的关联分析。适用于样本量极低微的单细胞克隆样本。
2025-12-02 11:38:14
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原创 顶刊思维——三代宏基因组最新文献速览
三代测序技术（Third-Generation Sequencing, TGS）以单分子长读长为核心特征，突破了二代测序（NGS）短读长的固有限制，结合高准确性（如PacBio HiFi）或超长实时测序（如Oxford Nanopore）的特性，推动了宏基因组学从“碎片化组装”向“完整基因组解析”的跨越。本研究为深入探究肠道微生物组，基于一项在马维拉开展的儿童生长纵向临床试验（纳入队列中8名儿童，进行为期11个月的纵向采样，共收集47份样本），采用三代长读长宏基因组技术开展了系统研究。
2025-12-01 17:48:15
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原创 重要功能基因丰度低？凌恩生物reads层面元素循环研究新方案上线！
一次获得16S、Cell、ppm、rpkm、tpm五大丰度定量单位，超100项分析内容，涵盖物种群落多样性分析、群落构建机制、元素循环功能基因注释、指示物种分析，更有相关性回归、网络图、循环路径图等热门分析！助力精准识别元素循环中的关键功能基因。在物种群落模块，按细菌、古菌、病毒分析，获得三个物种的多样性分析结果，性价比超高！此次分析更新之后，不仅可以让老师获得古菌、细菌、病毒三种物种的群落组成、机制、元素循环、功能基因、宿主分析等更多样化、全面的分析内容，更为各位老师的文章增加亮点，可谓一举两得。
2025-11-26 10:15:09
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原创 凌恩 生物T2T和单倍型基因组频发！再创佳绩！
本研究不仅展示了高粱基因组的完整图谱，还揭示了其独特的遗传特征和潜在的育种价值。）为研究对象，基于新组装的染色体水平基因组、转录组、全基因组重测序数据和生理表型数据，首次系统分析了其系统发育模式、热敏感性和遗传分化，并在同时考虑生理和遗传性状的情况下预测其未来的分布变化，构建起从生理遗传到模型预测的分析体系。本研究提出了一种基于个体间单核苷酸多态性（SNP）基因型标准化杂合度的方差分析（ViSHet），通过计算基因组区域（本研究中为500个SNP）来识别大而分化的单倍型区块区域（LHBRs）的方法。
2025-11-25 10:54:48
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原创 凌恩生物单细胞平台有新成员啦——10x Chromium iX正式入驻！
单细胞组学技术正加速生命科学领域的突破探索，为精准解析生物机制提供核心工具。
2025-11-24 17:34:16
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原创 国际趋势——高 性价 比探索生物多样性
全球越来越多的组织倡导对野外采集的样本采用GS/MGS。GS/MGS技术已经解码高山植物的演化密码、揭开更新世时期格陵兰岛植被和气候变迁的神秘面纱，澳大利亚国家科学机构已经启动项目，计划在2030年前利用GS技术构建全国性的生物多样性DNA数据库。基于以上研究方法的局限性，越来越多的研究者开始聚焦低数据量测序——基因组浅层测序（GS）/宏基因组浅层测序（MGS），近日，一篇发表在Molecular Ecology Resources（Q1）的文章，详细介绍了浅层测序的优势、应用场景、展望。
2025-11-20 10:46:02
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原创 一区14+，非模式物种的单细胞研究范例来了！
驴作为重要的牲畜资源，其皮、肉、奶等产品在药用与食用领域具有广泛应用，驴皮阿胶的应用历史源远流长，是中医治疗血虚的首选药物。
2025-11-17 10:59:32
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原创 Plant Communications| 泛基因组数据库KPGD为猕猴桃育种提供“基因蓝图”
作为中国原生的重要果树，猕猴桃属（Actinidia）包含54个物种、21个亚种共75个类群，兼具经济价值与科研意义。
2025-11-14 11:22:08
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