扩增子+宏基因组，11分经典分析思路！

SHANGHAILINGEN

于 2024-02-19 10:26:57 发布

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文章标签：组学测序

本文链接：https://blog.csdn.net/SHANGHAILINGEN/article/details/136164285

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以往对根际微生物的研究大多都集中在水平空间上的区别，即基于与根轴（根际、根平面和内圈）的径向距离空间上的区别。然即使在幼年植物中，根系的分泌模式也会在根系的不同部位有所不同，从而产生空间上不同的微生物生态位，即垂直空间上的区别还鲜少有人探究。

近期，发表在ISME（IF=11）上的文章“Fine scale sampling reveals early differentiation of rhizosphere microbiome from bulk soil in young Brachypodium plant roots”，分析了天然土壤中生长的二穗短柄草（Brachypodium distachyon）幼苗发育中的主根的两个空间上截然不同的区域（根尖和根基部）的微生物群落。

技术方法概述

本研究采用3种不同的容器（EcoFAB、试管、盆；2种方式，一半容器处于封闭的环境保持无菌，一半容器处于开放环境中）种植二穗短柄草（Brachypodium distachyon）。从不同的容器中分别采集根际土壤样本和大块土壤样本，基于16S rRNA测序和宏基因组测序分析对微生物群落进行研究分析。

图1 技术路线图

主要结果

1、根尖和根基部的微生物群落相似，但与大块土壤中的有很大区别

基于16S rRNA测序对一个14日龄B. distachyon和大块土壤的根际微生物群落进行了分析，Alpha多样性指数表明根基部的微生物群落与大块土壤没有显著差异（图2a）。主成分分析（PCA）结果发现根尖或根基部的样本与大块土壤样本之间都有明显的分离，但是根尖样本和根基部样本之间没有明显分离（图2b）。同时，研究结果表明不同种植条件下以及不同容器下微生物群落之间没有显著的差异。

图2 对在三种不同容器中生长的14日龄二穗短柄草的根际（根尖和根基）和大块土壤样品进行16S rRNA扩增子测序分析

研究进一步比较了不同容器条件下根尖和根基部样本中的OTU丰度，只有两个OTUs在根尖和根基之间存在显著的丰度差异，说明在年轻发育中的植物根中，根尖和根基部微生物群之间可能没有很大的差异（图3）。与大块土壤样本相比，根际样本（根尖和根基部）中OTU显著增加。

图3 不同样本位置之间的OTUs存在差异

2、宏基因组分类学研究以及宏基因组组装基因组

宏基因组物种分类的结果与16S扩增子数据一致，两种分析都显示容器差异造成的变化很小。从宏基因组数据中最终得到了32个代表性MAGs（宏基因组组装基因组）（图4），这些基因组的总覆盖率相当低，约占reads数据的3%。其中，10个MAGs在不同样本位置上具有显著丰度差异（图4）。

图4 MAGs的系统发育树以及差异丰度

3、宏基因组分析揭示根际样本代谢差异

在宏基因组中注释了5783个独特的KEGG同源组（KOs），约占每个宏基因组中预测的总蛋白的30%。在鉴定的55个差异富集的KOs中（图5），在根尖中，与不同代谢途径和根部定殖相关的基因高度富集。另一方面，与营养限制和环境压力相关的基因在土壤块中比根尖中更显著，这表明在土壤块中，与根部相比，可能缺乏易于获得的易变碳源和养分。