在进行Gulo gulo数据集案例的解读时,想到过程中由五个气候因子Raster对象生成的RasterStack对象可以写出用ArcGis系列软件对产出的分布图进行模拟,刚好biomod2包中含有的对应的csv文件,便试一下。
一、获取矢量图文件
回顾上一期内容,使用五个气候因子的Raster对象在R中生成RasterStack对象,并写入tif文件中,从而获得可在ArcGis中操作矢量图文件。
library(biomod2)
myFiles <- paste0('external/bioclim/current/bio',
c(3, 4, 7, 11, 12), '.grd')
myExpl <- raster::stack(system.file(myFiles, package = 'biomod2'))
raster::writeRaster(myExpl,"example.tif", format="GTiff")
最后在R的工作目录下便可找到example.tif
getwd()#查看当前工作目录
#[1] "E:/RStudio"
Fig.1 目录下的tif文件
二、图像处理
1、导入图层
在ArcMap中新建一个地图模板后添加图层数据,选择添加刚才保存的tif文件。
Fig. 2 添加栅格层数据
操作后可看到栅格层数据在ArcMap中的样子
Fig. 3 ArcMap下的栅格层数据
2、获取Gulo gulo的absences/presences点坐标
在R的安装目录下找到library中的biomod2包,在程序包文件中找到mammals_table.csv。
Fig. 4 物种分布点坐标数据所在目录
在Excel中打开后根据目标种的二进制数据进行排列,将1(presences)和0(absences)对应的坐标分别复制到两个新的sheet中。(此步骤最好将表备份到其他文件夹中进行,防止原始数据丢失)
Fig. 5 数据排序
3、导入absences/presences数据
回到ArcMap中找到工具栏中的ArcToolBox图标,在转换工具中选择Excel转表。
Fig. 6 Excel转表
打开转换工具对话框后选择刚才保存的sheet,并定义要素名
Fig. 7 导入要素
右键选择要素并显示。
Fig. 8 显示absences/presences数据
4、细节修改及添加地图要素
(1)修改分布点的大小、形状和颜色
到此为止,图中已经包含关于Gulo gulo分布的主要信息了,但是和R中导出的图还有较大的差别。可通过修改点的大小、形状和颜色对R产出的图片效果进行模仿。
Fig. 9 更改分布点的形状、大小和颜色
(2)添加格网
当前为数据视图,需切换为布局视图以选择纸张大小和方向、添加格网。
Fig. 10 添加格网
(3)、添加其他元素
至此,分布图已和R输出结果主题较为相似,只需插入图例,并将所有元素转换为图形,再根据R输出结果调整修改各图形及文字的位置、形状、大小和颜色即可。
Fig. 11 最后结果及对比
PS:
最后附上两图对比,本次模仿只是对分布点在地图上的分布位置进行了绘制,并不包括任何模型预测,如需在Arcgis中进行SDM预测,需参考使用SDM在Arcgis中的工具包(SDMtoolbox)。
Ending!!!!