使用ArcMap模仿biomod2输出的物种分布图

在进行Gulo gulo数据集案例的解读时，想到过程中由五个气候因子Raster对象生成的RasterStack对象可以写出用ArcGis系列软件对产出的分布图进行模拟，刚好biomod2包中含有的对应的csv文件，便试一下。

一、获取矢量图文件

回顾上一期内容，使用五个气候因子的Raster对象在R中生成RasterStack对象，并写入tif文件中，从而获得可在ArcGis中操作矢量图文件。

library(biomod2)
myFiles <- paste0('external/bioclim/current/bio', 
                  c(3, 4, 7, 11, 12), '.grd')
myExpl <- raster::stack(system.file(myFiles, package = 'biomod2'))
raster::writeRaster(myExpl,"example.tif", format="GTiff")

最后在R的工作目录下便可找到example.tif

getwd()#查看当前工作目录
#[1] "E:/RStudio"

Fig.1 目录下的tif文件

二、图像处理

1、导入图层

在ArcMap中新建一个地图模板后添加图层数据，选择添加刚才保存的tif文件。

Fig. 2 添加栅格层数据

操作后可看到栅格层数据在ArcMap中的样子

Fig. 3 ArcMap下的栅格层数据

2、获取Gulo gulo的absences/presences点坐标

在R的安装目录下找到library中的biomod2包，在程序包文件中找到mammals_table.csv。

Fig. 4 物种分布点坐标数据所在目录

在Excel中打开后根据目标种的二进制数据进行排列，将1（presences）和0（absences）对应的坐标分别复制到两个新的sheet中。（此步骤最好将表备份到其他文件夹中进行，防止原始数据丢失）

Fig. 5 数据排序

3、导入absences/presences数据

回到ArcMap中找到工具栏中的ArcToolBox图标，在转换工具中选择Excel转表。

Fig. 6 Excel转表

打开转换工具对话框后选择刚才保存的sheet，并定义要素名

Fig. 7 导入要素

右键选择要素并显示。

Fig. 8 显示absences/presences数据

4、细节修改及添加地图要素

(1)修改分布点的大小、形状和颜色

到此为止，图中已经包含关于Gulo gulo分布的主要信息了，但是和R中导出的图还有较大的差别。可通过修改点的大小、形状和颜色对R产出的图片效果进行模仿。

Fig. 9 更改分布点的形状、大小和颜色

(2)添加格网

当前为数据视图，需切换为布局视图以选择纸张大小和方向、添加格网。

Fig. 10 添加格网

（3）、添加其他元素

至此，分布图已和R输出结果主题较为相似，只需插入图例，并将所有元素转换为图形，再根据R输出结果调整修改各图形及文字的位置、形状、大小和颜色即可。


Fig. 11 最后结果及对比

PS：
最后附上两图对比，本次模仿只是对分布点在地图上的分布位置进行了绘制，并不包括任何模型预测，如需在Arcgis中进行SDM预测，需参考使用SDM在Arcgis中的工具包（SDMtoolbox）。

Ending！！！！