1 基因组比对bwa 索引
bwa index At.fna
生成以下5个文件
At.fna.amb
At.fna.ann
At.fna.bwt
At.fna.pac
At.fna.sa
2 GATK call snp indel 需要的索引
GATK call 变异时不仅需要基因组bwa的索引文件,还需要一个.dict的索引文件(注意dict前没有fna 或者 fa 的后缀)
picard CreateSequenceDictionary R=At.fna O=At.dict
3 call SV delly 软件需要的索引文件
delly使用时官方文件说需要基因组的index文件,没说哪种index(我觉得可能只有我有这样的困惑),直到我看见了example的数据文件……
delly运行时需要的是fai的索引文件
samtools faidx At.fna
生成At.fna.fai索引文件
暂时总结这么多,后续遇到再增加。