singularity bwa 使用 个人踩坑

实测，
个人使用singularity 调出bwa mem 比对，三个文件里一个文件的比对率一直在80%左右（正常能在95%以上的），其他文件比对正常，重复测试无果。用conda 安装上的bwa进行运行最后比对率达到了95%以上（同一版本的bwa）。

我想说的是，产生这个问题的原因可能是由于singularity 挂后台容易出现断连的问题，导致比对不完整(?)
总之比对这一步我建议还是用conda 安装好的bwa进行比对；如果singularity比对后出现比对率不高的情况也可以尝试这种方法。

这篇仅积累个人经验，不具有太大的参考价值。