linux下安装RSeQC避坑指南

linux下安装RSeQC避坑指南

首先，RSeQC是一个python包，这就意味着它可能需要很多依赖包。这也基本上是大家安装不上RSeQC的原因。

安装
RSeQC安装基本上需要这些关键包：

我安装的是python2.7的版本的RSeQC。
第一次尝试用的

conda install RSeQC

报错。
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
实践告诉我们，
然后这里也个人建议一下，安装python类的包最好还是先用pip，pip不行再用conda

改成

pip install RSeQC

开始下载相关包（上面提到的那些），下载pysam和bx-python时又开始报错，显示time out。个人认为这两个包都太大了，而且安装上还需要其他依赖包，所以如果出现报错后建议单独下载。即

pip install pysam

 conda install bx-python  #因为pip下载不下来，我又用回了conda

最后再运行一次

pip install RSeQC

就成功安装好了。

检验是否安装成功：
这个路径不好参考，但是都在RSeQC安装的python的bin里面。点击进入相关路径，

bam_stat.py

即可。

关于要不要添加进环境变量里
因为我是在虚拟环境中用python2安装的，而base环境里是python3版本。如果将路径加入到bashrc中，会和python3版本产生冲突导致conda激活环境都会报错。所以我的建议是不要。
运行的时候带上绝对路径就行。

python /storage/user/miniconda3/envs/rna/bin/bam_stat.py -i alignments.sorted.bam  #注意每个人的路径都不同

如果加入到bashrc中出现上述问题conda激活环境报错了，

unset PYTHONPATH

即可解决。

最后建议多看几个教程综合参考，避雷会更顺畅。