UCSF DOCK6 分子对接的使用教程（超详尽）

一 背景

UCSF DOCK6是用于药物发现的分子对接程序。它是由Irwin D. Kuntz，Jr.和UCSF的同事开发的（见UCSF DOCK）。该程序给定蛋白质结合位点和小分子，试图预测结合位点中的小分子的正确结合模式，以及相关的结合能。具有高良好结合能量的小分子可能是新的药物先导化合物。这使DOCK6成为有价值的药物发现工具。DOCK6通常用于筛选数百万化合物的大规模文库，针对给定的蛋白质筛选出潜在的先导化合物。然后进一步研究这些先导化合物，最终可能产出新的药物。

二 算法

UCSF DOCK6 的对接算法有两种，一种是rigid刚性对接，一种是anchor＆grow对接。

DOCK6 的anchor＆grow算法分为三个步骤：首先用几何方法将配体刚性部分(anchor)对接。分层添加的非刚性段;能量最小化。得到的配置被“修剪”，能量被重新最小化，从而产生对接配置。

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安装与配置系统变量

系统：LINUX （我用的是虚拟机，你可以下载VMware workstation软件，然后创建一个Ubuntu虚拟机，具体教程自行查询）

在虚拟机中解压下载的DOCK6压缩包，并按教程安装：在Ubuntu下装dock6（用于分子对接的程序）_zzyzgg的博客-CSDN博客_dock6因为我新装的ubuntu是比较裸的系统，并没有c++编译环境，所以需要先装g++，gfortran，没有make的话也要装一下。语句如下：sudo apt-get install build-essentialsudo apt-get install gfortran如果apt-get版本比较落后的话要用apt-get update更新一下。另外还要安装下面这两个东西，虽然不知道...https://blog.csdn.net/zzyzgg/article/details/81149212?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=%E5%AE%89%E8%A3%85DOCK6.8&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-2-81149212.142%5Ev5%5Epc_search_result_control_group,143%5Ev6%5Eregister&spm=1018.2226.3001.4187安装好以后，打开终端运行以下指令将 dock6 变为系统变量：

gedit  ~/.bashrc      #打开.bashrc

然后在打开的文件最下方输入以下命令：(我直接将dock6解压到用户文件夹了，所以直接~/dock6就是路径了，如果你解压到别的路径中，则要修改)

export PATH=$PATH:~/dock6/bin

然后在终端输入以下命令：（网上有将dock6设为永久系统变量的方法，我这种方法每次开机可能还需要重新设置。自行查询）

source ~/.bashrc      #source立即生效

相关软件：UCSF Chimera  一款可视化处理软件

UCSF Chimera - 操作入门【1】_哔哩哔哩_bilibili

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分子对接实例

首先，在虚拟机中创建文件夹以方便后续操作：

files
             1.dockprep
             2.surface_spheres
             3.gridbox
             4.dock

注意：以下各个环节的文本文件 “xxx.in” 大多数可以在DOCK6自带的资源中搜索到，直接复制粘贴，然后再打开修改具体文件路径就好。或者你也可以copy我在文末附上的.in文件，再修改成你自己的路径。

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配体和受体的准备

确定受体的某些残基状态：阅读受体的相关文献，了解有关受体和配体的质子化状态、电荷、环境条件等重要信息。通过chimera打开pdb文件，查看结构。确定模型的主要成分(受体、配体、溶剂、表面活性剂、金属离子)——检查是否有缺失的残留物或缺失的环。

通过Chimera 打开受体pdb文件，选择蛋白质的你需要的那个链，删去其他链。选择蛋白质，删去蛋白质自带的配体、水分子以及氢原子，保存为 rec_noH.mol2

在此基础上，对上述受体进行以下操作来进行“加氢”、“加电荷”的准备。

Tools -> Structure Editing -> Add H (加氢)
Tools -> Structure Editing -> Add Charge (使用最新版本的 AMBER force filed 来加电荷，例如AMBER ff14SB)
Save as a mol2 file. (存为rec_withH.mol2)

或者用这个工具来加氢加电荷：

 Tools -> Structure/Binding Analysis -> DockPrep

配体分子也通过chimera进行加氢、加电荷，存为ligand.mol2

准备好的受体和配体存在 1.dockprep 文件夹中

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生成受体的表面文件，生成结合口袋的球体

通过Chimera打开受体rec_noH.mol2
 - Action -> Surface -> Show
 - Tools -> Structure Editing -> Write DMS 得到rec_noH.dms文件
 - 将rec_noH.dms 保存

在文件夹中复制粘贴INSPH文件（官方安装包里自带的，复制粘贴即可），并修改里面的名称：

rec_noH.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph

 输入命令：sphgen -i INSPH -o OUTSPH   即可生成球体的文件“rec.sph”,“OUTSPH”.

在Chimera中打开 rec.sph ，看到球体就像下面：