R语言：将R语言中的Seurat数据对象转换为Python能处理的h5ad格式

S.GJ

已于 2024-07-02 13:03:17 修改

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文章标签： r语言 python 开发语言

于 2024-04-09 19:55:20 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_39422822/article/details/137564902

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本文介绍了如何在R中使用Seurat库处理基因组学数据，将其从Seurat对象格式转换为Python可读的h5ad格式，包括使用`read_rds`读取RDS文件，然后通过Seurat的工具进行转换并保存为h5ad文件，最后在Python中使用scanpy库加载h5ad文件进行进一步分析。

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背景

在基因组学数据分析场景下，有些数据被保存为了R语言中的Seurat对象格式，我们的需求是将Seurat对象格式的数据转换为Python能处理的h5ad格式。

R处理代码

### 1.准备工作
# 1.1 readr包安装
install.packages("readr")
# 1.2 Seurat包安装
# 略
# 1.3 SeuratDisk包安装
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

### 2.导入R包
library(readr)
library(Seurat)
library(SeuratDisk)

### 3.Seurat数据读取
# 3.1 指定要读取的.RDS文件路径
filepath <- "./PRECAST-master/data/HCC/HCC1_seu.RDS"
# 3.2 使用readr包中的read_rds()函数读取.RDS文件内容
data <- read_rds(file = filepath)
# 3.3 查看数据内容
print(data)

### 4.Seurat数据转换h5格式文件保存
SaveH5Seurat(data, filename = "HCC1.h5Seurat")
Convert("HCC1.h5Seurat", dest = "h5ad")
# 注：保存的h5文件名为HCC1.h5ad

Python处理代码

import scanpy as sc

adata = sc.read_h5ad('./data/HCC/HCC1.h5ad')
print(adata)