从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

最新推荐文章于 2024-09-28 07:43:05 发布

YY生物日记

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分类专栏： RNA-seq STAR 文章标签： ubuntu

本文链接：https://blog.csdn.net/YY_Bio_diary/article/details/121763177

版权

本文档详细介绍了如何使用免费的Linux工具STAR进行RNA-seq数据分析，包括下载与安装STAR，构建基因组索引，以及执行mapping过程。通过STAR进行mapping可以降低实验成本，作者以老鼠基因组为例，提供了具体的操作步骤和参数设置，如设置线程数、选择参考基因组和注释文件等。完成mapping后，计划使用Qualimap进行质控分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

前言

在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping

实验室一直购买着CLC Genomics Workbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费30万日币左右，这次挑战用完全免费的Linux+STAR来建立index进行mapping，减少实验开支~~，给我打钱就可以~~。

软件的下载和安装

2021/12/7 当前最新版本是STAR-2.7.9

下载安装的方法主要参考STAR的官方网站就可以了。https://github.com/alexdobin/STAR

# Get latest STAR source from releases
wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.9a.tar.gz
tar -xzf 2.7.9a.tar.gz
cd STAR-2.7.9a

# Compile under Linux
cd /STAR-2.7.9a/source
make STAR

#test
STAR

如果出现

Usage: STAR  [options]... --genomeDir /path/to/genome/index/   --readFilesIn R1.fq R2.fq
Spliced Transcripts Alignment to a Reference (c) Alexander Dobin, 2