单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备

10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv 、 genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv 和 genes.tsv，就是表达矩阵的行名和列名

就会发现，matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值，分别是细胞数量，基因数量，以及有表达量的值的数量。

下游处理的时候，一定要保证这3个文件同时存在，而且在同一个文件夹下面，每一个样本都是3个文件，每一个样本都是同样的代码处理。

二、一般流程

（一）数据前处理：质控和数据过滤

1.基于QC度量的细胞选择与筛选（即质控）

2.数据标化与缩放（即数据标准化）

3.高度可变特征的检测（特征性基因的选择）

（二）PCA分析：线性降维

PCA分析，并且找到后续数据处理的维度

（三）细胞聚类

将具有相似基因表达模式的细胞之间绘制边缘，然后将他们划分为一个内联群体

并进行tSNE和UMAP分析

（五）差异分析：寻找mark