Material Studio 中 DMol3 计算材料吸附能

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分类专栏： 科研技巧 文章标签： visualstudio
于 2024-03-07 21:07:31 首次发布
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本文介绍了如何通过导入CIF文件对晶体进行表面切割、扩胞操作，添加真空层，随后进行高斯几何优化，最后在Outmal文件中计算体系能量以得到吸附能量的过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.先导入Cif文件

2.切表面

3.沿着你要切的晶面切

4.扩胞

5.加真空层（一般加10埃）

现在就是这样的了

6.然后对其结构优化（高斯几何优化）

7.再在体系上加原子或者想要的材料

8.Outmal文件中最后的Ef就是整个体系的能量，然后按照最开头的公式进行计算就可以得出物质表面的吸附能量，一般为负值

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Materials Studio-sorption 吸附模块上手简明教程
qq_62639060的博客
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Materials Studio-sorption 吸附模块上手简明教程。算是初学者的备忘，如有不足之处欢迎指正。
ms 真空层_Materials Studio学习
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此文根据山东大学魏巍老师的课堂讲课总结记录而成。操作界面介绍右键按住是旋转多选，删除，复制，剪切，粘贴支持windows快捷键操作选中后，同时按住shift+alt键可以快速对分子进行移动绘制过程中，按住shift+左键单击变成选择shift+右键长按，对选中单元进行旋转File新建导出另存为打印之类的操作Edite对图形中的剪切，粘贴，复制类操作其中有一个Edit->Atom Select...
MS计算-DMol3模块计算研究MgO表面催化
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愈创木酚分子中预吸附H原子的1s轨道和O1原子的2s，2p轨道之间的重叠。在H原子的存在下，愈创木酚分子在MgO（1 0 0）表面上的吸附能增强，因此愈创木醇分子在H原子预吸附的MgO（10 0）表面的吸附能为55.3kJ·mol−1高于MgO（1 0 0）表面。通过对愈创木酚在清洁MgO（1 0 0）和H原子预吸附MgO（10 0 0）表面上转化的可能反应进行讨论，获得了愈创木酚在MgO（1 0 0）表面上的吸附能、吸附结构、电子结构和能垒，以说明预吸附H原子对愈创木醇吸附的影响以及愈创木酚的转化机理。
Gaussian 计算静电云图确定吸附位点
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如何确定活性材料的吸附位点难以从常规测试中得到，EDS测试难以识别具有相同元素的不同吸附位点，因此通过计算机模拟计算化学物质的静电势来确定吸附位点以及计算结合能是一个非常好的选择。利用高分子有机物等活性材料对有毒分子、原子、离子在真空、水溶液、有机溶液等环境下吸附，已是当今环境科学、矿物学、土壤化学等学科领域研究的热点。(4) 对结果的可视化方式进行合适修改后，一个漂亮的静电势图片就出来了，依据上方的比例尺可以看出红色是负电，蓝色是正电，比例尺极值数值可以修改，图片颜色也会相应变化。
dmol3 服务器计算文件,DMol3 基本原理和参数设置
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Material_Studio构建表面模型
03-25
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qq_42168543的博客
12-29 1万+
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【Materials Studio学习四】表面建模(沿某个晶面方向进行切面、表面吸附结构)
袁家瑜的博客
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然后计算其前线分子轨道、态密度等电子性质。通过图3(b)可以看出氯离子与氧、碳原子发生强烈共振,在最高占据态内是由Cl-3s、Cl-3p、O2s、O2p、C22s、C22p、C42s、C42p、C52s、C52p贡献，其中Cl-3p、O2p、C22p、C42p、C52p占主导地位，说明形成的p-p杂化轨道是阴阳离子间电子转移的主要通道。通过计算发现胆碱阳离子的LUMO轨道与氯离子的HOMO轨道之间ΔＥ更小，而且两个数值更接近，这说明了在氯化胆碱成键过程中的电子是由氯离子向胆碱阳离子转移的。
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12-21
material_studio个人经验
Material_Studio教程
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weixin_42286789的博客
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1、castep是用平面波赝势展开波函数，dmol是通过原子轨道的线性组合来处理(castep用的是基于平面波赝势的方法，而dmol是基于分子轨道理论的方法)castep算周期性结构的体系，DMol 适合于分子，团簇，分子筛，分子晶体，聚合物等开放结构。也就是说对空体积较大的晶体，原子轨道在稀填充体系(原子、分子、团簇、低维周期体系、沸石...)的计算上比平面波有优势。CASTEP是一个基于密度泛...
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在Linux中提交文件是：.car文件、.input文件、.mdf文件。文件是通过Material Studio计算面板中Save files产生。提交计算方式是：“路径/RunDMol3.sh -np 2 seedname”。但一直提示“There is no Coordinates File”，在另一个帖子看的是“.car”文件需要改名字，但没有说怎么改。我的.car文件如下：!BIOSYM ...
Materials Studio建模与材料模拟计算工作站方案2022
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（一）Materials Studio材料模拟软件介绍 Materials Studio（简称MS）是分子模拟领域内的多种模拟方法以及建模可视化性质分析工具。提供三维结构模型，对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。可以从电子、原子以及高分子的角度去分析物质的结构与性质 利用的主要方法为：以密度泛函为主的量子力学模拟方法、分子力学和分子动力学模拟方法、蒙特卡罗模拟法、介观动力学(MesoDyn)和耗散粒子动力学（DPD）、统计方法QSAR等多种先进算法和X射线衍射分析等仪器分析方法，
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晶体学信息文件(Crystallographic Information File, CIF)是以“.cif”结尾的计算机文件，它包含了晶体的晶胞参数、原子坐标、文献资料等信息。各种晶体、材料计算处理软件，如Vesta，Diamond，GSAS，Mercury，Rasmal，Materials Studio等都以晶体信息文件作为输入或者输出结果。
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表面建模2固定表面表面吸附结构水分子吸附 固定表面 选中要固定的层，接着按下面操作 设置颜色显示差别 为什么要固定底层？用来代替体相，表面两层一般会发生弛豫； 需要做收敛性测试(取不同的层，算表面能，作曲线，收敛) 表面吸附结构 水分子吸附 吸附水分子构型；遵循阴阳离子相吸引的原则(需要自行调整方向) 把水分子复制，结合movement工具进行移动 将复制的水分子旋转移动一下，遵循阴阳离子结合的原则，调整H的朝向；生成氢键 挪动氢原子的摆动位置，使水分子发生分裂； 结合以下工具进行使用；
【Materials Studio】入门基础篇
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经典的分子模拟过程构建模型;设置计算参数;运行计算;分析与展示计算结果。完成上述4个步骤，即完成了一次分子模拟。
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Materials Studio 8.0是一个非常强大的计算模拟软件，其中包括了CASTEP模块和DMol3模块可以用于分子动力学模拟和量子化学计算。这两个模块都是通过第一性原理方法来解决材料的电子结构和性质问题的。 对于CASTEP模块，它使用密度泛函理论（DFT）来计算材料的电子结构和相关性质。在使用CASTEP模块进行计算模拟时，您需要输入材料的晶体结构信息和计算参数，然后程序会自动求解材料的电子结构和相关性质，并将结果输出到文件中。CASTEP模块还提供了许多预定义的计算模型，例如基于平面波的赝势方法和格点动力学模型等，可以帮助您快速地进行计算。 对于DMol3模块，它使用密度泛函理论（DFT）和分子轨道理论（MO）来计算材料的电子结构和相关性质。在使用DMol3模块进行计算模拟时，您需要输入材料的分子结构信息和计算参数，然后程序会自动求解材料的电子结构和相关性质，并将结果输出到文件中。DMol3模块还提供了许多预定义的计算模型，例如密度泛函理论（DFT）和分子轨道理论（MO）的杂化方法等，可以帮助您更准确地进行计算。 总之，使用Materials Studio 8.0中的CASTEP模块或DMol3模块进行计算模拟是一种非常强大和有效的方法，可以帮助您快速地求解材料的电子结构和相关性质，为材料设计和制备提供参考。
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